蛋白质折叠

fastAlign算法代码解析 本仓库包含fastAlign算法的MATLAB源代码，该算法用于蛋白质-蛋白质相互作用网络的快速全局比对。 代码结构 examples/: 包含mat3_greedy算法的运行示例，可通过运行example.m文件进行测试。 data/: 存放示例所需的数据文件。 code/: 存放算法实现的脚件，包括： MAT3_rank.m: 根据输入网络的邻接矩阵、alpha值、迭代次数和首选项矩阵计算相似性矩阵。 greedy_match.m: 根据输入网络对的相似性矩阵计算匹配矩阵M。 align.m: 根据输入的两个邻接矩阵和匹配度计算两个网络的对齐图。 bio_components.m: 计算并输出输入网络对的对齐图中的（强连接）组件。 其他说明 大部分实验还解析了iso_greedy、iso_hungarian和mat3_auction的输出结果，并将结果保存在对应数据集文件夹中。 数值计算部分使用了MATLAB文件，并可能调用了netalign项目中的其他代码。 IsoRank计算使用了本机二进制文件，具体使用方法请参考其文档。

在MAI的CI主题背景下开发的项目，解决蛋白质折叠问题，应对自回避路径约束下的优化挑战，并利用MATLAB的optimtool支持代码执行。其主要功能包括：能量函数利用构象指标测量填充正方形空间中每个H氨基酸邻居的能量；初始化阶段有两种实现方式：随机线圈和完全扩展，前者尝试从随机排序的可能方向进行选择，后者则使用所有构象的's'；突变阶段随机选择可能的变异，并通过调用acceptance函数实现之前描述的决策；交叉阶段仅实施1点交叉，并要求接受。代码结构随时间演化温度，加速程序。

这段代码可以用于从给定的蛋白质PDB数据计算欧几里德距离，并生成蛋白质接触图的可视化。

蛋白质组学质谱分析的基本原理与方法介绍。2. 使用GPM（X!tandem）进行蛋白质组学数据库检索的技术解析。3. TPP软件在蛋白质组学数据统计分析中的应用详解。

对73个小麦品种的36个性状进行了详细统计分析，筛选出对蛋白质百分含量(GPC)、单粒蛋白质产量(GPY)、单株籽粒蛋白质产量(PPY)具有显著影响的5个性状。进一步探讨了蛋白质性状与必需氨基酸、非必需氨基酸、产量因素、形态性状和生育期性状之间的关系，并得出了在蛋白质性状综合改良中最关键的8个性状。讨论了蛋白质产量作为育种材料评价和提升蛋白质生产力的重要性。

这份PPT详细介绍了蛋白结构数据库的内容和重要性。涵盖了不同类型的数据库及其在科学研究中的应用，是理解蛋白质结构与功能关系的重要工具。

本代码库提供基于MATLAB的非参数化模型，用于预测嗜酸嗜热菌DNA结合蛋白HTa的结合位点。该模型利用LASSO回归算法，并结合MNase-seq数据进行峰值检测和评分，进而评估HTa蛋白在不同基因组区域的结合差异。 代码使用方法: 运行LASSO_Input_file_generation.R脚本生成LASSO模型的输入文件。 使用MATLAB R2018a版本运行AH_LASSO_script.m脚本，输入步骤1生成的模型文件，得到LASSO模型系数。 运行LASSO_output_file_generation.R脚本，输入步骤2得到的模型系数以及计算得到的Kmers丰度，生成最终的预测结果。 运行Peak_detection_and_scoring_on_indep_bwFile.R脚本，利用Bioconductor NucleR包对不同MNase-seq数据进行峰值检测和评分，并计算其相对不对称性，用于评估HTa蛋白在不同基因组区域的结合差异。 依赖: MATLAB R2018a R Bioconductor NucleR包

DIAMOND是一款速度超快的蛋白质序列比对软件，其最新Linux版本2.1.8现已发布。 DIAMOND的主要特点： 比BLAST快500到20,000倍 支持长序列的移框联配分析 资源消耗小，可在普通台式机和笔记本电脑上运行 支持多种输出格式

一项实验研究了受保护的赖氨酸和蛋氨酸对放牧奶牛乳蛋白分布的影响，特别是酪蛋白和α-乳清蛋白。12头荷斯坦奶牛被随机分配到两组，分别接受对照饲料或添加了受保护赖氨酸和蛋氨酸的饲料。结果表明，添加受保护赖氨酸和蛋氨酸的奶牛的脂肪校正乳产量有增加的趋势，这表明补充这些氨基酸可能对放牧奶牛的牛奶产量产生积极影响。

使用电解法制备了一种新型高效的纳米银膜，作为近红外表面增强拉曼散射(NIR-SERS)的基底，对22名健康女性和22名宫颈癌患者的氧合血红蛋白进行了NIR-SERS光谱检测。比较了宫颈癌患者和健康女性氧合血红蛋白的NIR-SERS光谱，发现两者之间有显著差异。利用多变量统计分析方法发现，在472、662、720和1209 cm-1处，宫颈癌患者与健康女性的氧合血红蛋白NIR-SERS光谱差异最为显著，诊断的特异性和灵敏度均达到86.4%。通过谱峰归属分析发现，宫颈癌患者血液中的高铁血红蛋白吡咯环折叠振动、氧合血红蛋白吡咯环的对称变形振动、反对称变形振动以及吡咯环间CmH基团的变形振动等振动模式相较于健康女性有显著减少。研究表明，NIR-SERS技术结合多变量统计分析方法可以有效区分宫颈癌患者和健康女性的氧合血红蛋白，有望成为一种新型的宫颈癌临床诊断工具。