fastAlign算法代码解析

本仓库包含fastAlign算法的MATLAB源代码，该算法用于蛋白质-蛋白质相互作用网络的快速全局比对。

代码结构

  • examples/: 包含mat3_greedy算法的运行示例，可通过运行example.m文件进行测试。
  • data/: 存放示例所需的数据文件。
  • code/: 存放算法实现的脚件，包括：
    • MAT3_rank.m: 根据输入网络的邻接矩阵、alpha值、迭代次数和首选项矩阵计算相似性矩阵。
    • greedy_match.m: 根据输入网络对的相似性矩阵计算匹配矩阵M。
    • align.m: 根据输入的两个邻接矩阵和匹配度计算两个网络的对齐图。
    • bio_components.m: 计算并输出输入网络对的对齐图中的（强连接）组件。

其他说明

  • 大部分实验还解析了iso_greedy、iso_hungarian和mat3_auction的输出结果，并将结果保存在对应数据集文件夹中。
  • 数值计算部分使用了MATLAB文件，并可能调用了netalign项目中的其他代码。
  • IsoRank计算使用了本机二进制文件，具体使用方法请参考其文档。