在MAI的CI主题背景下开发的项目,解决蛋白质折叠问题,应对自回避路径约束下的优化挑战,并利用MATLAB的optimtool支持代码执行。其主要功能包括:能量函数利用构象指标测量填充正方形空间中每个H氨基酸邻居的能量;初始化阶段有两种实现方式:随机线圈和完全扩展,前者尝试从随机排序的可能方向进行选择,后者则使用所有构象的's';突变阶段随机选择可能的变异,并通过调用acceptance函数实现之前描述的决策;交叉阶段仅实施1点交叉,并要求接受。代码结构随时间演化温度,加速程序。
遗传算法MATLAB初始化种群代码——HP模型蛋白质折叠
相关推荐
fastAlign: 蛋白质-蛋白质相互作用网络快速全局比对算法
fastAlign算法代码解析
本仓库包含fastAlign算法的MATLAB源代码,该算法用于蛋白质-蛋白质相互作用网络的快速全局比对。
代码结构
examples/: 包含mat3_greedy算法的运行示例,可通过运行example.m文件进行测试。
data/: 存放示例所需的数据文件。
code/: 存放算法实现的脚件,包括:
MAT3_rank.m: 根据输入网络的邻接矩阵、alpha值、迭代次数和首选项矩阵计算相似性矩阵。
greedy_match.m: 根据输入网络对的相似性矩阵计算匹配矩阵M。
align.m: 根据输入的两个邻接矩阵和匹配度计算两个网络的对齐图。
bio_components.m: 计算并输出输入网络对的对齐图中的(强连接)组件。
其他说明
大部分实验还解析了iso_greedy、iso_hungarian和mat3_auction的输出结果,并将结果保存在对应数据集文件夹中。
数值计算部分使用了MATLAB文件,并可能调用了netalign项目中的其他代码。
IsoRank计算使用了本机二进制文件,具体使用方法请参考其文档。
Matlab
3
2024-06-30
ProteinContactMap.zip 蛋白质接触图的视觉化-MATLAB开发
这段代码可以用于从给定的蛋白质PDB数据计算欧几里德距离,并生成蛋白质接触图的可视化。
Matlab
3
2024-08-01
基于改善初始种群的免疫遗传算法优化问题JSP研究
上传了一篇关于免疫遗传算法在JSP优化问题中的文档,供大家学习。最近在研究免疫优化智能算法的应用。
算法与数据结构
2
2024-07-29
Matlab数组初始化方法
Matlab中如何进行数组初始化的技巧和方法。
Matlab
2
2024-07-31
matlab遗传算法代码实现
使用Matlab编写的遗传算法代码,详细描述了其工作原理和各个模块的功能。
Matlab
1
2024-07-30
遗传算法代码解读
这份文档提供了对上传的遗传算法代码的详细解读,帮助您理解代码背后的算法原理和实现细节。
算法与数据结构
2
2024-05-19
多种群遗传算法在函数优化中的应用
多种群遗传算法在函数优化中扮演着重要角色,将详细探讨其原理、优势以及实际应用,同时提供相关代码和教程。
Matlab
2
2024-07-19
MATLAB 遗传算法
使用 MATLAB 中的遗传算法 (GA) 对问题进行优化。
Matlab
2
2024-05-28
蛋白质组学质谱分析的基础及数据处理技术
蛋白质组学质谱分析的基本原理与方法介绍。2. 使用GPM(X!tandem)进行蛋白质组学数据库检索的技术解析。3. TPP软件在蛋白质组学数据统计分析中的应用详解。
统计分析
1
2024-07-16