- 蛋白质组学质谱分析的基本原理与方法介绍。2. 使用GPM(X!tandem)进行蛋白质组学数据库检索的技术解析。3. TPP软件在蛋白质组学数据统计分析中的应用详解。
蛋白质组学质谱分析的基础及数据处理技术
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fastAlign算法代码解析
本仓库包含fastAlign算法的MATLAB源代码,该算法用于蛋白质-蛋白质相互作用网络的快速全局比对。
代码结构
examples/: 包含mat3_greedy算法的运行示例,可通过运行example.m文件进行测试。
data/: 存放示例所需的数据文件。
code/: 存放算法实现的脚件,包括:
MAT3_rank.m: 根据输入网络的邻接矩阵、alpha值、迭代次数和首选项矩阵计算相似性矩阵。
greedy_match.m: 根据输入网络对的相似性矩阵计算匹配矩阵M。
align.m: 根据输入的两个邻接矩阵和匹配度计算两个网络的对齐图。
bio_components.m: 计算并输出输入网络对的对齐图中的(强连接)组件。
其他说明
大部分实验还解析了iso_greedy、iso_hungarian和mat3_auction的输出结果,并将结果保存在对应数据集文件夹中。
数值计算部分使用了MATLAB文件,并可能调用了netalign项目中的其他代码。
IsoRank计算使用了本机二进制文件,具体使用方法请参考其文档。
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