Matlab集成的C代码PulseqDiffusion:利用开源PyPulseq进行扩展的加权回波平面成像序列扩散加权成像(DWI)在多种临床应用中具有重要意义,如中风和肿瘤特征表征。尽管有多种与供应商无关的后处理工具可供选择,但出于研究目的,目前尚未提供开放源代码的实施。我们推出了PulseqDiffusion,这是一个跨厂商、多切片单次激发自旋回波回波平面成像(EPI)的开发工具,使用基于扩散脉冲序列的开源包PyPulseq。该工具可以扩展以支持多种b值和方向。我们在以下两个方面进行了验证:(i)在体外模型中测量表观扩散系数,(ii)在人体内脑数据中获得高质量的分数各向异性(FA)和平均扩散率(MD)图。我们提供了Matlab中的基本重建软件,用于从原始k空间数据生成图像。在Example_Data文件夹中,提供了在哥伦比亚大学获取的示例数据,包括虚拟数据(3个方向,5个b值,3个切片)、体内数据(12个方向,1个b值,20个切片)和其他方向(3个b值,20个切片)。后续可以使用免费的后处理工具对图像进行处理,生成定量扩散图。软件包中还包含了使用图像分析软件的示例代码。
Matlab集成C代码PulseqDiffusion脉冲扩散
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MATLAB集成C++代码
Metaphor是一个功能强大的C++库,适用于数值计算、机器学习和计算机视觉。该库的核心模块提供了线代、数值计算和非线性优化工具。其他模块正在积极开发,未来可能添加至仓库中。
Metaphor核模块提供大量线代和统计工具,并基于灵活的矩阵和向量对象构建。功能包括:
轻量级通用矩阵和向量视图类:视图对象可引用现有数据的任意行和列跨度,支持任何数据类型。
多种数据操作,如子视图复制、重新排序和抽取。
矩阵和向量可保存和打印为多种格式,包括MATLAB文本格式。
浮点、双精度和复数类型的线代运算:一整套经过优化的标准BLAS操作,支持BLAS 1、2和3。
低级优化矩阵块数学函数可用于矢量和矩阵视图类型。
数学运算包括数据排序、转换、统计和归约运算。
矩阵和向量存储对象与视图对象紧密结合,为常见线代运算提供大量成员函数。
共享内存指针可避免数据复制。
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