扩散模拟

这是一个有效数值模拟平台，专门用于控制反常扩散过程的模拟。

此脚本使用Monte Carlo模拟分析扩散波光谱（DWS）中的路径长度分布P(s)，是路易吉·克里斯托福利尼2020年开发的模板脚本。请根据需要自行调整。详细信息请参见V.Lorusso等人的研究（2021），胶体与界面科学进展288（2021）102341。有关DWS的更多信息，请参阅文献[1] Weitz, Pine，“漫射波光谱”，Oxford University Press（1993）[2] Phys Rev Lett 60 1134（1988）。

该项目探讨了二维反应扩散方程在电化学氧化还原反应中的应用。使用Matlab实现了线性扫描伏安法和正弦波伏安法的数值仿真，并对其结果进行了验证分析。研究重点集中在电解质和电极之间的电流响应上，模拟了三电极恒电位仪的工作原理。

MCSD是一款简便的MATLAB/Octave工具，专门设计用于模拟复杂环境中如生物组织的扩散过程。这个工具包含多个功能，如基于用户定义的单元半径分布设计1、2和3维单元环境，以及在有障碍和无障碍条件下计算多个粒子的随机游动。用户可以通过添加路径到Matlab搜索路径来轻松安装和使用。

通过连续数据挖掘，形成规则度量值序列。通过参数估计，获取度量值特征参数，用于评估规则兴趣度，把握规则演化规律。提出了针对小样本的度量值扩散估计方法，并讨论了不同趋势下的序列参数计算。实验结果表明，该方法准确简便，抗干扰性强。

AcCoRD（通过React扩散的基于Actor的通信）是一个用于模拟分子通信的工具。AcCoRD 2.0 是对原始模拟器（用 C 语言编写）的完全重新设计版本，采用 C++ 和面向对象设计。此版本仍处于预发布阶段，并非所有原始功能都已在新版本中重新实现。目前仅支持 Windows 编译，使用 MSVS 构建。示例配置文件位于模拟文件夹中。 模拟器组件 AcCoRD 在微观和介观尺度上模拟区域： 分子: 具有表面边界（无、反射、吸收、吸附、膜）。 介观区域: 必须是立方形的，但微观区域可以是立方形、球形或圆柱形的。 表面: 具有表面边界的非分子拥有的体积或平面。 React: 可以在微观和介观区域模拟零阶、一阶和二阶React。 被动角色: 观察环境中的分子（位置、计数和观察时间）。它们可以观察整个或部分区域。可以链接到一组区域或分配形状，并观察其边界内的所有分子。 主动角色: 根据用户定义的位序列、随机位序列或平均释放速率将分子释放到环境中。位序列可以保存到文件中。活动角色可以是点、矩形表面、圆形表面、盒子。

Matlab实现的平均扩散距离是一种计算技术，用于衡量分子在给定条件下的扩散范围。这项技术利用数学模型和计算算法，分析物质在不同环境中的传播效果。

matlab开发-图像降噪的扩散滤波技术。包括线性扩散滤波、边缘增强线性和非线性各向异性滤波。

Matlab集成的C代码PulseqDiffusion：利用开源PyPulseq进行扩展的加权回波平面成像序列扩散加权成像（DWI）在多种临床应用中具有重要意义，如中风和肿瘤特征表征。尽管有多种与供应商无关的后处理工具可供选择，但出于研究目的，目前尚未提供开放源代码的实施。我们推出了PulseqDiffusion，这是一个跨厂商、多切片单次激发自旋回波回波平面成像（EPI）的开发工具，使用基于扩散脉冲序列的开源包PyPulseq。该工具可以扩展以支持多种b值和方向。我们在以下两个方面进行了验证：（i）在体外模型中测量表观扩散系数，（ii）在人体内脑数据中获得高质量的分数各向异性（FA）和平均扩散率（MD）图。我们提供了Matlab中的基本重建软件，用于从原始k空间数据生成图像。在Example_Data文件夹中，提供了在哥伦比亚大学获取的示例数据，包括虚拟数据（3个方向，5个b值，3个切片）、体内数据（12个方向，1个b值，20个切片）和其他方向（3个b值，20个切片）。后续可以使用免费的后处理工具对图像进行处理，生成定量扩散图。软件包中还包含了使用图像分析软件的示例代码。

快速：扩散成像的标准质量保证管道- De Santis等人。 （提交）用于计算SNR并确定获取QA数据的最佳参数的脚本。 输入：100个b=0图像的nifti文件。 输出：最大b值和体素大小的脚本，用于运行QA，检查b值的线性性，视场上的Gmax均匀性，以及三个逻辑轴上的梯度幂的一致性，并校正梯度不匹配。 输入：使用梯度表Grad_dirs_QA_shuffled.txt获取的体模扩散数据的nifti文件。 输出：带有日期的QA .mat文件，用于比较两个.mat质量保证结果文件的时间稳定性。