星形细胞分析

秋海棠是由 Matlab 开发的框架，帮助解决星形胶质细胞 2 光子成像数据的科学图像分析核心挑战。其主要功能包括： 简单且维护成本低的 元数据存储策略； 将手动分析步骤与自定义的 Matlab 工具集成； 处理与镜筒类型/图像来源无关的图像数据； 加入来自多个测量设备和来源的时间序列数据； 使用动态钙传感器对可见成像细胞和组织事件进行 自动或半自动分析。 该系统专注于星形细胞钙信号传导，但同样适用于使用 2 光子激光显微镜 记录的荧光指示剂。系统为非程序员提供了图形化的工作流程，并为程序员提供了 API。我们发现 GUI 工具 和 Matlab 处理 API 的结合效果良好，支持更多编程经验的研究人员可以在该框架下高效工作。非程序员可以快速使用该框架进行数据概述和 自动分析，并在收集数据时快速查看结果。 已知问题：使用 RoI 管理器（“roiman”）时，如果在窗口中单击以提升时间序列视图，可能会发生错误，导致 roiman 无法获取键盘事件。

MATLAB开发中使用星形物体来清空。为了减少杯中水位，必须计算所需的吸管浸泡次数。

这个存储库包含用于3D单细胞分割和分析的Matlab代码，附有详细的步骤说明。分割分段器是一个用于Matlab的应用，通过阈值化细胞质标记物或膜标记物的分水岭转换，在3D空间中精确分割细胞。用户界面简单易用，允许调整参数以达到最佳分割效果。分析脚本可应用于图像文件夹，并将结果保存为Excel文件，包括通道的阈值识别点和区域的富集和部分重叠分析。

星形连接包括四根线，其中三根是相线，第四根是从星点引出的中性线。在电力传输中，星形连接以其中性点为优势。深入探讨了电力系统中平衡和不平衡电流的概念，平衡电流指三相电流相等，而不平衡电流则指任何相位电流不等。在平衡状态下，中性线不传输电流；但在不平衡情况下，中性线将不平衡电流引至接地，保护变压器免受损害。长距离传输中，星形连接展示了其首选地位。

本代码库提供了用于分析成肌细胞增殖图像的MATLAB脚本，这些脚本用于研究长链非编码RNA SAM(lncRNA SAM) 通过稳定Sugt1和促进动粒组装来促进成肌细胞增殖。所有代码均在 MATLAB R2014b 中测试。 代码功能： Figure6C.m & Suppl_Figure_6C.m: 计算红色通道中非零像素的平均强度，并保存输出图像。 Figure6D_Suppl_Figure_5I.m: 计算细胞核内平均绿色通道强度（蓝色），并保存输出图像。 Quantify_Figure6E_6D.m: 量化每个过滤点中平均绿色通道强度，不生成输出图像。 Visualize_Figure6E_6D.m: 生成并保存最终输出图像。 ImageCount: 用于量化Dia肌肉中胶原蛋白1的交互式软件，以及Dia肌肉上Masson's Trichrome染色中胶原阳性区域的定量。 ImageCount主要功能: 彩色图像分割和量化。 注意: 以上代码文件对应论文中相应的图像结果。

在MATLAB中，开发与红细胞增多症相关的分析工具，可以通过编写相关函数来实现疾病的诊断与监测。劳斯的象征性政策阵列可以用于该领域的算法开发，提供不同的函数实现来处理血液数据。在MATLAB Central中，您可以找到多种类似的函数和工具，帮助分析红细胞增多症的相关数据，增强开发效率与准确度。

此函数以16位TIFF堆栈形式接收图像，并通过解交错处理其三个通道。它对核标记和病原体通道进行阈值处理和分水岭分割，以识别细胞核和细菌。然后，该函数使用病原体质心创建目标区域（ROI），并通过子图像提取病原体周围的细胞内信号。

在数据仓库的星形模式中，时间维度扮演着不可或缺的角色。它以一种结构化的方式记录了时间的推移，为分析历史趋势和模式提供了宝贵的基础。 时间维通常包含年、季度、月、日等不同粒度的时间信息，以及与特定日期相关的其他属性，例如工作日标识、节假日标识等。 通过将时间维与事实表关联，分析师可以深入挖掘数据，揭示隐藏在时间变化背后的洞察。例如，可以通过分析不同时间段的销售数据来识别季节性趋势，或者比较不同促销活动的效果。 总之，时间维是星形模式中不可或缺的一部分，它为数据分析提供了时间维度，使我们能够更好地理解数据的演变过程。

细胞组学数据的分析和可视化是当前研究的重点。在一项名为《自然方法》的研究中，2013年，Emanuel JP Nazareth等人利用高通量指纹技术，探索了人类多能干细胞因子反应性和谱系诱导偏倚。

此存储库包含用于Matlab的灰度处理和细胞跟踪的源代码。该程序支持荧光或暗场电影的处理，以及相衬电影的跟踪。兼容Matlab 2018a及更早版本，支持'.tif'堆栈和'.nd2'文件格式。还提供适用于Linux的版本。