原子力显微镜

这是一段用MATLAB编写的代码，用于处理原子力显微镜（AFM）在带有球形压头的细胞上获得的原始力光谱数据。代码包括预处理数据和杨氏模量的拟合，使用赫兹模型来增加压痕深度。所有代码在MATLAB R2016a版本上进行了测试，原始数据来自JPK Nanowizard 3显微镜的力谱.txt文件，其中包含悬臂高度、悬臂垂直挠度、串联时间和分段时间。预处理数据使用MATLAB代码AFM1_contactpoint.m进行单独处理。

MATLAB GUI描述了用于光子力显微镜的谐波生成代码。光子力显微镜是一种功能强大的工具，能够在皮克顿级上测量力并检测纳米级位移。校准方法的精度对仪器的精确性至关重要。我们提供了一个交互式校准软件，能够同时处理探头轨迹的统计观测值，包括功率谱密度、均方位移和速度自相关函数，以提高校准的精度。该软件在高采样率下处理实验观察到的流体动力学相互作用，并考虑光学捕获中不对称物体方向上的热涨落。该校准方法适用于非球形探针，已经通过合成和实验数据验证。

MATLAB 代码用于处理点击扩展显微镜数据。包括刚性配准、膨胀因子计算、B样条非刚性配准、畸变场计算和均方根误差计算。

LSMAQ 是一款基于 MATLAB 编写，轻便灵活的激光扫描显微镜采集软件，支持 National Instruments 硬件进行振镜扫描。 主要功能： 与 MHz 速率激光器进行脉冲同步（例如三光子显微镜） 平铺体积采集 任意平面 3D 扫描 用于波前整形的相位步进 适用对象： LSMAQ 主要面向显微镜开发人员，提高灵活性和定制化程度。扫描引擎和用户界面分离，代码库轻量简洁，便于脚本编写和快速修改。 与其他软件对比： 对于双光子显微镜的最终用户，ScanImage 等现有软件包可能更为适用，因为它们功能完善，更新及时。LSMAQ 则更侧重于灵活性，公开了所有扫描参数，用户需要了解硬件限制并进行相应设置。 支持： LSMAQ 团队不提供最终用户支持。 系统要求： MATLAB (已测试版本 2019b)

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MIST是一个拼接2D图像数据集的工具，专为显微镜图像设计。它支持将时间序列数据处理为独立的数据集，并且能够处理具有10%重叠的图块。该工具的第一个版本为ImageJ / Fiji插件，未来将推出独立工具。该存储库包含两个分支：一个为插件的源代码，另一个为MATLAB原型的源代码。更新至CUDA 9.0将提升性能，特别是在现代GPU上。关于安装说明和用户指南，请参见快速导航中的相关信息。

读取tiff图像堆栈：使用Matlab函数ReadTiffStack('绝对文件名')来加载数据集，然后通过GUI界面浏览图像堆栈。这种方法允许用户方便地探索和分析延时显微镜捕获的数据序列。

LAND 软件包对单分子定位显微镜 (SMLM) 数据进行定量分析，尤其适用于处理大样本量和高发射体密度的数据。 功能 2D 和 3D SMLM 数据分析算法: 基于密度的噪声应用空间聚类 (DBSCAN) 基于 Voronoi 的聚类分析 里普利函数 径向分布函数 (RDF) 最近邻分析 (NN) 距离分析 用于量化核纳米结构构象和纹理的算法 (SMLM-ConText) 数据可视化 具有批处理功能的用户界面 软件获取与安装 下载软件包并解压缩 LAND-master.zip 文件。 将生成的 LAND-master 目录复制到本地 MATLAB 工作目录中。 在 MATLAB 命令窗口中，导航到 LAND-master 目录并运行 LAND 启动软件。 文档和示例 有关如何使用该软件的详细说明（包括示例），请参阅软件包中的文档。 系统要求 MATLAB R2014b 或更新版本 统计和机器学习工具箱 图像处理工具箱（可选，但强烈建议用于更快的计算） 建议至少 8 GB RAM

高光谱CARS显微镜和光谱工具箱使研究人员能够方便地分析他们的数据。该工具箱专注于图像融合、去噪和光谱学的研究与开发。

扩展了 SMALL-LABS，一个用于单分子精确定位的软件，增加了基于 pSMLM 的本地化。代码中包含对 pSMLM 异源 PSF 的描述。