MATLAB 代码用于处理点击扩展显微镜数据。包括刚性配准、膨胀因子计算、B样条非刚性配准、畸变场计算和均方根误差计算。
点击扩展显微镜数据处理的MATLAB代码
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LSMAQ:基于MATLAB的激光扫描显微镜采集软件
LSMAQ 是一款基于 MATLAB 编写,轻便灵活的激光扫描显微镜采集软件,支持 National Instruments 硬件进行振镜扫描。
主要功能:
与 MHz 速率激光器进行脉冲同步(例如三光子显微镜)
平铺体积采集
任意平面 3D 扫描
用于波前整形的相位步进
适用对象:
LSMAQ 主要面向显微镜开发人员,提高灵活性和定制化程度。扫描引擎和用户界面分离,代码库轻量简洁,便于脚本编写和快速修改。
与其他软件对比:
对于双光子显微镜的最终用户,ScanImage 等现有软件包可能更为适用,因为它们功能完善,更新及时。LSMAQ 则更侧重于灵活性,公开了所有扫描参数,用户需要了解硬件限制并进行相应设置。
支持:
LSMAQ 团队不提供最终用户支持。
系统要求:
MATLAB (已测试版本 2019b)
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LAND 软件包对单分子定位显微镜 (SMLM) 数据进行定量分析,尤其适用于处理大样本量和高发射体密度的数据。
功能
2D 和 3D SMLM 数据分析算法:
基于密度的噪声应用空间聚类 (DBSCAN)
基于 Voronoi 的聚类分析
里普利函数
径向分布函数 (RDF)
最近邻分析 (NN)
距离分析
用于量化核纳米结构构象和纹理的算法 (SMLM-ConText)
数据可视化
具有批处理功能的用户界面
软件获取与安装
下载软件包并解压缩 LAND-master.zip 文件。
将生成的 LAND-master 目录复制到本地 MATLAB 工作目录中。
在 MATLAB 命令窗口中,导航到 LAND-master 目录并运行 LAND 启动软件。
文档和示例
有关如何使用该软件的详细说明(包括示例),请参阅软件包中的文档。
系统要求
MATLAB R2014b 或更新版本
统计和机器学习工具箱
图像处理工具箱(可选,但强烈建议用于更快的计算)
建议至少 8 GB RAM
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