PERDIX (P rogrammed Eulerian Routing for DNA Design using X-overs) is a new, free, and open-source software package written in FORTRAN 90/95 that automates the conversion of 2D computer-generated design files into DNA sequences. These sequences can then be synthesized and mixed to create high-fidelity folded structures based on DNA DX in a 2D lattice framework. The software features a pure Fortran library designed for automated sequence design with support for the GEO (PERDIX's geometric file format) or other input formats for precise edge-length designs of asymmetric and irregular shapes. It provides an intuitive text-based user interface (TUI) suitable for Microsoft Windows and Mac OS, offering 24 predefined target geometric shapes for editing stapled paths and sequences with 3D visual output.
Fortran to MATLAB Programmatic Eulerian Routing for DNA Design with PERDIX
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运行Peak_detection_and_scoring_on_indep_bwFile.R脚本,利用Bioconductor NucleR包对不同MNase-seq数据进行峰值检测和评分,并计算其相对不对称性,用于评估HTa蛋白在不同基因组区域的结合差异。
依赖:
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