在受控环境中对微通道中生长的细菌进行延时成像很有帮助研究细菌生长的单细胞动力学。这些微流体生长室被称为母机。在这种实验中,细菌生长可以研究多代高分辨率和时间精度。但是和其他任何实验一样,母机数据显示相当可观强度波动、细胞侵入、细胞重叠、成丝等产生的大量数据在此类实验中,很难手动分析和校正此类不需要的像差。我们开发了模块化代码SAM,用于检测此类像差并正确处理,无需人工监督。我们跟踪累积单元格大小并使用自适应分割方法来避免错误检测细胞分裂。SAM目前是使用MATLAB编写和编译的。它很快(大约15分钟/GB的图像)并且可以有效地与shell脚本结合使用以处理大量数据。它已经过许多不同的测试实验数据并在Github上公开提供。
Modular SAM Code for Analyzing Mother Machine Data in MATLAB
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注释:- (notebook): Jupyter Notebook 文件链接- (MATLAB): 相应的 MATLAB 代码链接- (md): Markdown 文件链接- (link): 外部链接
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经验
2019年4月 - 担任软件工程师(计算机视觉)
2019年4月 - 在加利福尼亚州长滩举行的IEEE研讨会上,通过可见性图对热图像进行行人检测,获得认可。
2018年夏季 - 获得DAAD RISE专业奖学金,前往德国科隆的拜耳商业服务有限公司进行研究实习。
2017年秋季 - 获得计算机科学硕士学位,担任信息融合实验室研究助理,专注于多光谱图像任务。
我们的论文在CVPR 2019的PBVS研讨会上被接受,展示了使用深度显着网络生成显着图的新方法,以改善行人检测的效果。
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