ECOTOOL工具箱提供用于时间序列分析和预测的例程,包含探索性、描述性和诊断性统计工具。该工具箱集成了自动识别、估计和离群值检测程序,可用于多季节ARIMA模型、传递函数、指数平滑等模型。它提供深入的文档和演示,引导用户完成建模过程。
基于MATLAB的ECOTOOL季节性预测代码
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主要步骤:
灰色模型的选择:根据实际问题选择合适的模型,如GM(1,1)、GM(2,1)等。
原始数据序列的构建: 将原始数据构建为矩阵形式,并进行预处理。
GM(1,1)模型构建: 假设原始数据序列可通过一次累加得到发展规律,并进行模拟。
灰色模型参数求解: 利用已有数据,通过数学方法求解灰色模型参数。
模型检验: 检验模型的拟合效果。
模型预测: 使用建立的模型进行未来数据预测。
结果评估: 对预测结果进行评估,检验预测精度。
通过MATLAB,可以方便地实现灰色预测模型的构建、求解、检验和预测,为实际问题提供有效的解决方案。
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代码使用方法:
运行LASSO_Input_file_generation.R脚本生成LASSO模型的输入文件。
使用MATLAB R2018a版本运行AH_LASSO_script.m脚本,输入步骤1生成的模型文件,得到LASSO模型系数。
运行LASSO_output_file_generation.R脚本,输入步骤2得到的模型系数以及计算得到的Kmers丰度,生成最终的预测结果。
运行Peak_detection_and_scoring_on_indep_bwFile.R脚本,利用Bioconductor NucleR包对不同MNase-seq数据进行峰值检测和评分,并计算其相对不对称性,用于评估HTa蛋白在不同基因组区域的结合差异。
依赖:
MATLAB R2018a
R
Bioconductor NucleR包
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