浅析数据挖掘中的SPRINT算法,帮助读者更好理解其核心思想。
SPRINT算法简介
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SPRINT介绍
涉及到的概念t训练样本t用于构造分类模型的集合t测试样本t用于测试分类模型的集合t分类t首先从数据中选出已经分好类的训练集,在该训练集上运用数据挖掘的分类技术,建立分类模型,对于没有分类的数据进行归类的过程。 t决策树t是一棵有向、无环的树。 t决策树技术t从一组无次序、无规则的事例中推理出决策树表示形式的分类规则。采用自顶向下的递归方式,在决策树的内部节点进行属性值的比较并根据不同属性判断从该节点向下的分支,然后进行剪枝。 t连续属性t当一属性的值域为连续域时,该属性称为连续属性(后文的Age属性) t离散属性t当一属性的值域为非连续域时,该属性称为离散属性(后文的Car Type属性)
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对感兴趣的组织中的scRNA-seq数据集进行计算分析,以选择与细胞状态转换显著相关的特征(即基因)。每个基因分配给一个成像通道。
组织制备和成像步骤,通过捕获每个细胞内的整合荧光强度来探测所选基因的丰度。
成像后分析步骤,使用成像信息重建细胞状态转变的轨迹。在使用SPRINT之前,用户需要提供一个scRNA-seq数据集,可以用多个数据集选择最佳参考分布的基因列表。一旦有了数据集,用户需运行公开的伪时间分析工具(如Monocle)为每个单元分配伪时间值。SPRINT与任何为单元格分配唯一伪时间值的伪时间分析工具兼容,用户被鼓励尝试不同工具生成生物学意义的假时排名。
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