SPRINT(组织中的空间伪时间排序)是一种工具,通过简单的计算工作流程和单轮荧光成像在原位以单细胞分辨率映射伪时间轨迹。SPRINT包括三个主要步骤:
- 对感兴趣的组织中的scRNA-seq数据集进行计算分析,以选择与细胞状态转换显著相关的特征(即基因)。每个基因分配给一个成像通道。
- 组织制备和成像步骤,通过捕获每个细胞内的整合荧光强度来探测所选基因的丰度。
- 成像后分析步骤,使用成像信息重建细胞状态转变的轨迹。在使用SPRINT之前,用户需要提供一个scRNA-seq数据集,可以用多个数据集选择最佳参考分布的基因列表。一旦有了数据集,用户需运行公开的伪时间分析工具(如Monocle)为每个单元分配伪时间值。SPRINT与任何为单元格分配唯一伪时间值的伪时间分析工具兼容,用户被鼓励尝试不同工具生成生物学意义的假时排名。