Matlab整合的C代码PEP(预测增强剂促进剂相互作用)是一种用于预测远程增强子-启动子相互作用(EPI)的框架。该框架结合了两种从增强子和启动子DNA序列中提取特征的策略:PEP-Motif、PEP-Word和PEP-Integrate。每个模块都利用梯度树增强训练EPI预测器,以基于增强子-启动子对的特征表示。PEP方法主要基于E/P数据集进行训练和评估,通过搜索已知转录因子结合位点(TFBS)的模式来表征增强子或启动子的特征。
Matlab整合C代码预测增强剂促进剂相互作用框架PEP
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代码结构
examples/: 包含mat3_greedy算法的运行示例,可通过运行example.m文件进行测试。
data/: 存放示例所需的数据文件。
code/: 存放算法实现的脚件,包括:
MAT3_rank.m: 根据输入网络的邻接矩阵、alpha值、迭代次数和首选项矩阵计算相似性矩阵。
greedy_match.m: 根据输入网络对的相似性矩阵计算匹配矩阵M。
align.m: 根据输入的两个邻接矩阵和匹配度计算两个网络的对齐图。
bio_components.m: 计算并输出输入网络对的对齐图中的(强连接)组件。
其他说明
大部分实验还解析了iso_greedy、iso_hungarian和mat3_auction的输出结果,并将结果保存在对应数据集文件夹中。
数值计算部分使用了MATLAB文件,并可能调用了netalign项目中的其他代码。
IsoRank计算使用了本机二进制文件,具体使用方法请参考其文档。
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