Matlab整合的C代码PEP(预测增强剂促进剂相互作用)是一种用于预测远程增强子-启动子相互作用(EPI)的框架。该框架结合了两种从增强子和启动子DNA序列中提取特征的策略:PEP-Motif、PEP-Word和PEP-Integrate。每个模块都利用梯度树增强训练EPI预测器,以基于增强子-启动子对的特征表示。PEP方法主要基于E/P数据集进行训练和评估,通过搜索已知转录因子结合位点(TFBS)的模式来表征增强子或启动子的特征。
Matlab整合C代码预测增强剂促进剂相互作用框架PEP
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代码结构
examples/: 包含mat3_greedy算法的运行示例,可通过运行example.m文件进行测试。
data/: 存放示例所需的数据文件。
code/: 存放算法实现的脚件,包括:
MAT3_rank.m: 根据输入网络的邻接矩阵、alpha值、迭代次数和首选项矩阵计算相似性矩阵。
greedy_match.m: 根据输入网络对的相似性矩阵计算匹配矩阵M。
align.m: 根据输入的两个邻接矩阵和匹配度计算两个网络的对齐图。
bio_components.m: 计算并输出输入网络对的对齐图中的(强连接)组件。
其他说明
大部分实验还解析了iso_greedy、iso_hungarian和mat3_auction的输出结果,并将结果保存在对应数据集文件夹中。
数值计算部分使用了MATLAB文件,并可能调用了netalign项目中的其他代码。
IsoRank计算使用了本机二进制文件,具体使用方法请参考其文档。
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一、系统初始化1、材质台就位2、相机、光源、材质台控制测试
二、预处理1、工业相机标定及校正预处理1)辐射度标定(白平衡校正、均匀度校正、颜色校正)2)几何标定(棋盘格)3)线性度标定(最大曝光时间、自动曝光时间)4)坏点标记及暗电平处理
2、单反相机参数设置
三、材质采集1、BRDF采集1)一般采集(各项同性/各向异性):光源依次点亮,相机同步采集一帧/多帧,(材质台旋转)2)HDR采集(针对低动态范围):光源依次点亮,相机同步采集多帧,(材质台旋转)3)EOS采集(超分辨率):若干指定方向光源,固定方向单反采集多张,(材质台旋转)
2、svBRDF采集3、BTF采集(待定)
四、图像处理(在上一步图像保存前/下一步拟合前进行)1)多帧图像平均去噪2)坏点校正和暗点平处理3)角度校正、方向对齐、裁剪、极限角度剔除4)白平衡处理、均匀度校正、颜色校正5)几何校正(Zhang)6)HDR、超分辨率7)保存处理后图像(/.btf/...)8)逐角度计算图像平均亮度/逐像素亮度,保存BRDF材质数据
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