Matlab整合的C代码PEP(预测增强剂促进剂相互作用)是一种用于预测远程增强子-启动子相互作用(EPI)的框架。该框架结合了两种从增强子和启动子DNA序列中提取特征的策略:PEP-Motif、PEP-Word和PEP-Integrate。每个模块都利用梯度树增强训练EPI预测器,以基于增强子-启动子对的特征表示。PEP方法主要基于E/P数据集进行训练和评估,通过搜索已知转录因子结合位点(TFBS)的模式来表征增强子或启动子的特征。