schmid滤波函数matlab源码-HiC_tools一组Hi-C数据处理工具

这篇资源下载文章集合了与Hi-C数据分析相关的工具和论文，每个部分的工具都是最新的。内容涵盖了Java完整管道，可以将原始读取内容转换为Hi-C地图，并在Juicebox中进行可视化。该文档还详细介绍了调用域、循环、以及CTCF绑定站点的使用。.hic文件格式用于存储多分辨率的Hi-C数据。文献引用包括了Durand等人（2016年）和Rao等人（2014年）。欢迎发布和/或请求添加其他数据的请求！

DataPie 是一款基于 C# 开发的高性能 Excel 导入和导出工具，支持与 MSSQL、Oracle 和 Access 数据库无缝对接，帮助您高效处理海量 Excel 数据。

Mongo数据处理工具是一款用于数据导出和导入的实用工具，支持多种数据格式和类型，操作简便，能够满足多样化的数据迁移需求。通过这个工具，用户可以高效地管理和转移Mongo数据库中的数据。

Matlab距离矩阵代码PSYCHIC使用Hi-C数据查找推定的增强子的代码。要运行此示例，请使用repo目录中的python htad-chain.py，配置文件格式为Hi-C文件的res分辨率（40000），互动距离截止点（通常为2000），染色体名称（例如'chr1'..'chrX'），使用染色体长度的床文件的chrsize路径（examples/hg19.size.bed）。conf文件（hIMR90）的output_prefix是输出前缀，output_dir为存储输出文件的路径（例如/输出），input_matrix为染色体的输入Hi-C矩阵路径（请参阅格式规范），genes_file为描述基因的bed文件路径（examples/hg19.genes.bed）。有关正常运行的示例配置文件，请参阅examples/himr90.chr20.conf。

Logstash是一个由Elastic公司开发的强大开源工具，专为简化日志管理和分析而设计。它作为ELK堆栈的重要组成部分，能够从多种来源收集、处理和转发日志数据。Logstash工作流程包括输入、过滤和输出三个阶段：输入阶段支持文件、网络套接字等多种来源；过滤阶段提供丰富的插件支持，包括JSON解析、正则表达式匹配等；输出阶段可以将处理后的数据发送到Elasticsearch、syslog、数据库等多种目的地。其优点包括扩展性强、易于配置、与Elasticsearch和Kibana的良好集成，适用于监控服务器、应用程序和网络设备日志，提升日志管理效率和质量。

详细介绍了利用宏基因组数据组装某物种基因组的整个流程，包括数据预处理、三种不同组装工具的应用（Minia、SPAdes和Megahit），以及组装结果的评估和比较。首先进行宏基因组数据的预处理，包括参考基因组的比对、reads的提取和过滤。随后使用Minia、SPAdes和Megahit进行基因组组装，分别介绍了它们的特点和适用情况。最后通过Quast评估组装结果，比较了三种工具的效果。为利用宏基因组数据进行某物种基因组组装提供了详细指南。

Oozie是大数据领域中的重要工作流管理系统，其名字源自英文“驯象人”，寓意其有效管理和调度大数据处理中的复杂任务。Oozie由Cloudera公司贡献给Apache，主要服务于Hadoop生态系统，用于协调和调度MapReduce、Pig等任务。除了支持定时任务外，还能根据任务逻辑关系进行顺序或分支执行，确保数据处理流程的顺畅。Oozie的核心模块包括Workflow、Coordinator和Bundle Job，分别用于定义任务流、定时触发工作流和管理复杂任务调度策略。在部署前需确保Hadoop环境已部署，配置相关设置如Oozie服务器主机名、MapReduce JobHistory Server地址等，然后解压安装包并配置oozie-site.xml和sharelib。

这个工具能够将一列数据转换为单行格式，支持英文逗号分隔，默认转换为INSERT语句中VALUES()后的单引号逗号形式。以往在使用T-SQL时，通常需要手动复制到Excel进行转置，再替换空格为逗号，现在这个工具能够直接完成转换操作。

这是一组基于Matlab编写的相关InSAR数据处理程序，专为InSAR学习和研究人员设计，提供了丰富的数据处理功能。