PSYCHIC使用Hi-C数据查找推定的增强子的Matlab距离矩阵代码

Matlab距离矩阵代码PSYCHIC使用Hi-C数据查找推定的增强子的代码。要运行此示例，请使用repo目录中的python htad-chain.py，配置文件格式为Hi-C文件的res分辨率（40000），互动距离截止点（通常为2000），染色体名称（例如'chr1'..'chrX'），使用染色体长度的床文件的chrsize路径（examples/hg19.size.bed）。conf文件（hIMR90）的output_prefix是输出前缀，output_dir为存储输出文件的路径（例如/输出），input_matrix为染色体的输入Hi-C矩阵路径（请参阅格式规范），genes_file为描述基因的bed文件路径（examples/hg19.genes.bed）。有关正常运行的示例配置文件，请参阅examples/himr90.chr20.conf。