这是一组MATLAB例程,用于分析单个细菌细胞的荧光显微镜图像,以确定其死亡原因。通过FM4-64、Sytox Green和DAPI共同染色,揭示细胞大小、形状、核形态及膜通透性的变化,展示了细菌自身拓扑学对细胞的影响。所需工具包括MATLAB R2018b(9.5版)、图像处理工具箱(版本10.3)和统计与机器学习工具箱(版本11.4)。此外,还需使用文件交换获取的相关附件文件,如进度栏和文件选择工具。
MATLAB曲线颜色代码细菌尸检的超大型分析工具
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数据说明
研究使用模拟和真实数据,包括模拟网络时间序列和基于ECoG数据的癫痫患者功能网络时间序列。真实数据来自3例癫痫患者的侵入性脑电记录,用于构建功能网络。网络构建细节在文章第3部分。
存储格式:网络时间序列存储在三个MATLAB二进制文件(.mat)中,每个文件包含一个示例。
文件结构:* data $ nets [,,1] $ t - 观察时间点* data $ nets [,,1] $ C [,,i] - 第i个观察到的网络(邻接矩阵)
代码说明
数据处理和分析主要在R中完成,部分在Matlab中完成。代码库包含统计模拟研究和案例研究真实数据分析的脚本。所有R脚本均在代码库中,遵循MIT许可证。
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-h, --help:显示帮助信息并退出
-w, --web:格式化页面以便于在线 Web 查看
-M, --doc:格式化页面以便在 MATLAB 帮助浏览器中查看
-l, --latex:格式化页面以便使用 LaTeX 创建文档
-m, --markdown:格式化页面以便使用 Markdown 创建文档
--mvtb:格式化页面以符合 MVTB 标准
-rtb:设置 RTB 的页面格式
-p PATH, --p:指定路径等其他选项
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