细菌细胞分析

此函数以16位TIFF堆栈形式接收图像，并通过解交错处理其三个通道。它对核标记和病原体通道进行阈值处理和分水岭分割，以识别细胞核和细菌。然后，该函数使用病原体质心创建目标区域（ROI），并通过子图像提取病原体周围的细胞内信号。

这个存储库包含用于3D单细胞分割和分析的Matlab代码，附有详细的步骤说明。分割分段器是一个用于Matlab的应用，通过阈值化细胞质标记物或膜标记物的分水岭转换，在3D空间中精确分割细胞。用户界面简单易用，允许调整参数以达到最佳分割效果。分析脚本可应用于图像文件夹，并将结果保存为Excel文件，包括通道的阈值识别点和区域的富集和部分重叠分析。

本代码库提供了用于分析成肌细胞增殖图像的MATLAB脚本，这些脚本用于研究长链非编码RNA SAM(lncRNA SAM) 通过稳定Sugt1和促进动粒组装来促进成肌细胞增殖。所有代码均在 MATLAB R2014b 中测试。 代码功能： Figure6C.m & Suppl_Figure_6C.m: 计算红色通道中非零像素的平均强度，并保存输出图像。 Figure6D_Suppl_Figure_5I.m: 计算细胞核内平均绿色通道强度（蓝色），并保存输出图像。 Quantify_Figure6E_6D.m: 量化每个过滤点中平均绿色通道强度，不生成输出图像。 Visualize_Figure6E_6D.m: 生成并保存最终输出图像。 ImageCount: 用于量化Dia肌肉中胶原蛋白1的交互式软件，以及Dia肌肉上Masson's Trichrome染色中胶原阳性区域的定量。 ImageCount主要功能: 彩色图像分割和量化。 注意: 以上代码文件对应论文中相应的图像结果。

在MATLAB中，开发与红细胞增多症相关的分析工具，可以通过编写相关函数来实现疾病的诊断与监测。劳斯的象征性政策阵列可以用于该领域的算法开发，提供不同的函数实现来处理血液数据。在MATLAB Central中，您可以找到多种类似的函数和工具，帮助分析红细胞增多症的相关数据，增强开发效率与准确度。

这是一组MATLAB例程，用于分析单个细菌细胞的荧光显微镜图像，以确定其死亡原因。通过FM4-64、Sytox Green和DAPI共同染色，揭示细胞大小、形状、核形态及膜通透性的变化，展示了细菌自身拓扑学对细胞的影响。所需工具包括MATLAB R2018b（9.5版）、图像处理工具箱（版本10.3）和统计与机器学习工具箱（版本11.4）。此外，还需使用文件交换获取的相关附件文件，如进度栏和文件选择工具。

BFO的详细代码已提供，可直接执行，并包含优化函数在Cost中。附带有注释，包括参数解释，便于学习。

详细介绍了细菌觅食算法的基本原理和在MATLAB中的实现方法，适合初学者学习和应用。该算法结合生物细菌的觅食行为，能有效解决优化问题。

细胞组学数据的分析和可视化是当前研究的重点。在一项名为《自然方法》的研究中，2013年，Emanuel JP Nazareth等人利用高通量指纹技术，探索了人类多能干细胞因子反应性和谱系诱导偏倚。

此存储库包含用于Matlab的灰度处理和细胞跟踪的源代码。该程序支持荧光或暗场电影的处理，以及相衬电影的跟踪。兼容Matlab 2018a及更早版本，支持'.tif'堆栈和'.nd2'文件格式。还提供适用于Linux的版本。

层次分析MATLAB代码e2198中追踪的神经节细胞连接组学分析。此存储库包含两个子模块，为后续分析提供必要的代码和数据下载指南。使用git命令'git submodule update --init'可下载所有相关数据和代码。特定子文件夹中的其他文档也可以作为README.md文件获得。EM数据、细胞重建/e2198_reconstruction子模块包含初始步骤和进阶工具，如创建初始cell_info结构的代码。最终单元格类型分配位于cell_info_typedef_gc.m文件中，由分层聚类产生。EM卷计算、钙成像数据及其分析均在分析/e2198_Ca_imaging子模块中进行。此存储库记录了EM数据、视觉刺激方向和最终极坐标。