去自由基算法Matlab代码SpecSeg:慢性钙成像数据集中基于跨谱功率的神经元和神经突分割这个Github包含“ SpecSeg”,这是一个开放源码的钙成像处理工具箱,用于检测钙成像数据集中的感兴趣区域(ROI)。ROI分割基于频率范围内的互谱功率,并已针对各种神经元隔室(细胞体,树突,轴突)和成像技术(慢性玻璃窗,GRIN透镜,1P,2P)进行了测试和优化。SpecSeg工具箱包含用户友好的图形界面,可检测、调整ROI并可视化其活动轨迹。该管道包括从SpectralSegmentation下的代码,以将运动校正应用于SBX文件。为了执行运动校正,请从SpectralSegmentation下载代码并将其添加到Matlab路径中。可以使用代码在荧光迹线上进行峰值估计。MLspike需要工具箱。将MLspike和brick文件夹添加到Matlab路径。这是荷兰神经科学研究所(NIN)的Leveltlab使用的管道。可以使用脚本轻松手动执行每个步骤中的管道,或通过脚本自动运行管道以处理请求的多个文件,直到RoiManagerGUI需要手动输入。为何选择光谱分割工具箱
光谱分割算法Matlab代码开源CA成像处理工具,从双光子图像序列中提取神经痕迹
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