matlab寻峰代码单细胞染色质免疫切割测序(scChIC-Seq)分析工具库

这篇论文提供了一种基于深度双随机图正则化矩阵分解的方法，用于单细胞RNA测序中的细胞类型检测。编码使用MATLAB实现，主要包括 run_DSINMF.m、factorization_AB.m、factorization_BF.m、constructW.m、NormalizeUV.m、bestMap.m、compute_NMI.m、AMI.m 和 ARI.m 等文件。用户需下载DSINMF文件夹，并参照README.doc进行操作。

在MATLAB中，寻找峰值的过程变得非常简便，帮助用户轻松找到数据中的峰值。

随着技术的不断进步，需要一种自动化的方法来处理细胞表面染色图像。CellSegm是一款专为此设计的MATLAB工具，提供精确的细胞分割功能。

Matlab编程：单细胞视动脉。这是一个皮质简单细胞模型的一维独立实现。

pbmc3k_filtered_gene_bc_matrices 数据是 Seurat 单细胞基础分析的基础数据集。

这个存储库包含用于3D单细胞分割和分析的Matlab代码，附有详细的步骤说明。分割分段器是一个用于Matlab的应用，通过阈值化细胞质标记物或膜标记物的分水岭转换，在3D空间中精确分割细胞。用户界面简单易用，允许调整参数以达到最佳分割效果。分析脚本可应用于图像文件夹，并将结果保存为Excel文件，包括通道的阈值识别点和区域的富集和部分重叠分析。

此存储库包含用于Matlab的灰度处理和细胞跟踪的源代码。该程序支持荧光或暗场电影的处理，以及相衬电影的跟踪。兼容Matlab 2018a及更早版本，支持'.tif'堆栈和'.nd2'文件格式。还提供适用于Linux的版本。

这是用于复制Marcus Gualtieri和Robert Platt撰写的论文“通过分层空间注意力学习操纵技巧”中的模拟实验的代码。详细信息请参见我的网站。该代码与早期的6自由度版本相似，但速度更快，更易上手。入门方法包括选择不同的域，从“磁盘上的钉子”到“杯垫上的瓶子”。非表格域需要安装Keras、TensorFlow、PointCloudsPython和OpenRAVE。代码已通过TensorFlow 2.0测试。OpenRAVE的安装说明可供参考。Matlab用于绘制结果，但非必需。对于“杯垫上的瓶子”，使用名为python/generate_*的脚本生成对象网格。调整脚本中的路径后，运行python/train.py train_params以训练。

单细胞单 r 注释参考图谱，可本地使用单 r。