单细胞数据资源：pbmc3k

单细胞单 r 注释参考图谱，可本地使用单 r。

这篇论文提供了一种基于深度双随机图正则化矩阵分解的方法，用于单细胞RNA测序中的细胞类型检测。编码使用MATLAB实现，主要包括 run_DSINMF.m、factorization_AB.m、factorization_BF.m、constructW.m、NormalizeUV.m、bestMap.m、compute_NMI.m、AMI.m 和 ARI.m 等文件。用户需下载DSINMF文件夹，并参照README.doc进行操作。

本研究评估了酵母Rhodotorula glutinis在不同曝气条件下从甘油生产微生物脂质的效果。实验在摇瓶中进行，涉及搅拌（150至250rpm）和通气（烧瓶体积与培养基体积比为2.5至5.0）两种条件。通过22全因子设计，分析了这些条件对脂质和细胞浓度、生物量产量、脂质产量及脂质体积生产率的影响。统计结果显示，通气水平和搅拌速度显著影响了底物消耗、脂质积累、细胞生长和脂质生产率。最佳条件下（搅拌250 rpm，最高通气量5.0烧瓶体积比），获得了最高的脂质产量（4.5 g/L）和脂质体积生产率（QP = 0.95 g/L·天）。脂肪酸分析显示，油酸占主导地位（53.5%），其次是亚油酸（18.7%）、棕榈酸（6.8%）和硬脂酸（9.9%）。此研究为优化Rhodotorula glutinis利用甘油生产单细胞油的操作条件提供了重要数据。

数据挖掘实验一中使用的第三个数据资源。

神经元动力学建模之旅 这本教材专为高等本科生和研究生设计，引导他们进入数学和计算神经科学的迷人世界。无需高深的生物学背景，只需微积分和高中物理知识，你就能开启这段探索之旅。 旅程亮点: 单个神经元及其动力学模型: 深入理解神经元的内部工作机制，并学习如何用数学模型描述其行为。 神经元网络: 探索神经元之间通过突触和间隙连接的相互作用，以及由此产生的复杂网络动力学。 群体节律: 解开神经元群体中节律活动的起源和功能，揭示大脑协调运作的奥秘。 突触可塑性: 탐구突触连接强度如何随时间改变，以及这对学习和记忆的影响。 实用工具: 教材配套提供丰富的Matlab程序和Python代码，帮助你将理论付诸实践，并可视化神经元动力学的奇妙之处。

该工具库包含多个部分，用于描述论文中的分析过程，涵盖组蛋白修饰信息的分析。用户可以从GitHub下载文件，将目录更改为CRK，然后进行进一步的分析。同时，从GEO网站下载GSE105012_RAW.tar文件，并保存到GSE105012文件夹中。

此函数以16位TIFF堆栈形式接收图像，并通过解交错处理其三个通道。它对核标记和病原体通道进行阈值处理和分水岭分割，以识别细胞核和细菌。然后，该函数使用病原体质心创建目标区域（ROI），并通过子图像提取病原体周围的细胞内信号。

此程序汇集了不同颜色通道中细胞计数的结果，以便从Excel表格中快速计算细胞活力。该程序还评估了ImageJ可行性宏中收集的细胞活力数据，准确地量化了3D培养中细胞活力，通过cLSM显微镜扫描，将堆栈分为独立通道，并在每个图像中使用定制的ImageJ宏（Cellcounter3D）分析细胞活力。

此文档详细介绍了金蝶K3数据库的表结构和注释，为数据库管理和数据理解提供参考。