Matlab编程单细胞视动脉可视化

探讨利用MATLAB进行可视化编程的方法。MATLAB作为一款强大的科学计算软件，其内置的可视化工具为数据分析和结果展示提供了极大的便利。文章将介绍MATLAB可视化编程的基本概念、常用函数以及实际应用案例，帮助读者掌握使用MATLAB创建直观、生动的图形界面的能力。

细胞组学数据的分析和可视化是当前研究的重点。在一项名为《自然方法》的研究中，2013年，Emanuel JP Nazareth等人利用高通量指纹技术，探索了人类多能干细胞因子反应性和谱系诱导偏倚。

本材料讲解使用 Matlab 进行数据可视化的基本方法和技巧。内容涵盖二维、三维图形绘制，图形属性设置，以及常用绘图函数的使用等方面。通过学习，您将掌握使用 Matlab 创建高质量数据可视化结果的能力。

MATLAB提供了重要的数据可视化功能。其中，画线函数plot是最基础也是最关键的绘图工具之一，其基本调用格式为plot(x, y, s)。在比较同类数据时，常需要在同一坐标图中绘制多条线，这时可以使用hold on命令来保持绘图模式，确保后绘制的线条不会覆盖前面的内容。相反，使用hold off则结束保持模式。

执行结果展示如下。

PolarFCS 是一款基于 MATLAB 平台开发的流式细胞术数据可视化工具，能够对多参数数据进行分析和展示。该工具首先计算每个细胞事件的多个参数质心，然后在二维散点图上绘制出来。散点图的坐标轴对应于不同的输入参数，用户可以根据需求对坐标轴进行调整和缩放。 软件获取与安装 PolarFCS 以 MATLAB 语言编写，为了方便用户使用，开发者提供了 Windows 和 MacOS 平台的预编译二进制文件。用户需要下载并安装相应的 MATLAB 运行时环境 (R2016b 版本)。 对于熟悉 MATLAB 编程的用户，可以下载源代码并根据自己的需求进行修改。源代码位于 makefcspolarscatter.m 文件中。 非 MATLAB 用户需要安装 MATLAB 运行时环境。请确保选择与 PolarFCS 兼容的操作系统和版本 (R2016b)。 获取 PolarFCS 访问 PolarFCS 的 GitHub 页面，点击“克隆或下载”，然后选择“下载 Zip”即可下载软件包。

该工具利用ASL（动脉自旋标记）成像的4D NIfTI文件生成峰值时间图和最大强度图，并能在解剖图像上进行叠加显示（如T1或TOF）。它基于扫描仪坐标使用仿射矩阵将图像叠加，再根据参考图像重新采样，但不进行图像配准。

可视化是理解和分享数据洞察力的重要工具。恰当的可视化可以帮助表达核心思想或开启探索空间；它可以让世界对数据集进行讨论或分享见解。

这篇论文提供了一种基于深度双随机图正则化矩阵分解的方法，用于单细胞RNA测序中的细胞类型检测。编码使用MATLAB实现，主要包括 run_DSINMF.m、factorization_AB.m、factorization_BF.m、constructW.m、NormalizeUV.m、bestMap.m、compute_NMI.m、AMI.m 和 ARI.m 等文件。用户需下载DSINMF文件夹，并参照README.doc进行操作。