DNA编码

针对现有结合DNA操作和混沌系统进行真彩图像加密算法的不足，提出了一种新的加密方法。该方法在DNA编码和DNA加操作阶段均引入混沌序列进行随机编码，增强了算法的安全性。 具体而言，算法首先利用二维Logistic映射对真彩图像的R、G、B分量进行随机编码。然后，从编码后的分量中提取辅助参数，用于修改超混沌系统的初始值，并生成混沌序列作为加密模板。接着，随机选择一种DNA加操作，对编码后的图像序列和加密模板进行处理。最后，对DNA序列进行随机解码，并将R、G、B分量合并，得到最终的密文图像。 仿真实验结果表明，该算法具有良好的加密效果，能够有效抵抗穷举攻击、差分攻击和统计分析攻击。

这个软件包是Phylip 3.6中dnapars.exe的修改版本，原先的版本使用菜单设置参数，我改为了命令行驱动的mbetoolbox_dnapars.exe，并为其构建了MATLAB接口。在MATLAB中，只需设置路径后，您可以轻松地运行mbetoolbox_dnapars。输入文件应为Phylip格式的对齐DNA序列，命名为“infile”。更多关于Phyip包的信息，请参考：http://evolution.genetics.washington.edu/phylip.html。

比较了水生微生物生态学中两种广泛使用的DNA提取方法：苯酚-氯仿法和PowerSoil DNA分离试剂盒。研究评估这两种方法在社区生态学分析中的适用性和效果。尽管OTU数量较少，但这些方法对社区结构的影响显著，且它们的结果差异显著，不可相提并论。文章提供了用于统计分析的脚本，并包含了相关数据集的SRA登录号在NCBI数据库中。

Matlab实验室发布的视频均配备完整可运行的源代码，简单易用，特别适合初学者； 1、主要包括主函数：main.m；相关调用函数：其他m文件；无需多余操作即可实现功能； 2、兼容Matlab 2019b版本；如出现问题，请根据提示进行调整；如需要帮助，请联系作者； 3、操作简易，仅需三步即可完成：步骤一：将所有文件置于当前Matlab工作目录；步骤二：双击打开main.m文件；步骤三：点击运行，等待程序完成； 4、如需更多仿真或其他服务，请联系作者或扫描视频中的QQ名片； 4.1提供博客或资源的完整代码4.2支持期刊或文献的复现4.3定制化Matlab程序4.4欢迎科研合作

PERDIX (P rogrammed Eulerian Routing for DNA Design using X-overs) is a new, free, and open-source software package written in FORTRAN 90/95 that automates the conversion of 2D computer-generated design files into DNA sequences. These sequences can then be synthesized and mixed to create high-fidelity folded structures based on DNA DX in a 2D lattice framework. The software features a pure Fortran library designed for automated sequence design with support for the GEO (PERDIX's geometric file format) or other input formats for precise edge-length designs of asymmetric and irregular shapes. It provides an intuitive text-based user interface (TUI) suitable for Microsoft Windows and Mac OS, offering 24 predefined target geometric shapes for editing stapled paths and sequences with 3D visual output.

本代码库提供基于MATLAB的非参数化模型，用于预测嗜酸嗜热菌DNA结合蛋白HTa的结合位点。该模型利用LASSO回归算法，并结合MNase-seq数据进行峰值检测和评分，进而评估HTa蛋白在不同基因组区域的结合差异。 代码使用方法: 运行LASSO_Input_file_generation.R脚本生成LASSO模型的输入文件。 使用MATLAB R2018a版本运行AH_LASSO_script.m脚本，输入步骤1生成的模型文件，得到LASSO模型系数。 运行LASSO_output_file_generation.R脚本，输入步骤2得到的模型系数以及计算得到的Kmers丰度，生成最终的预测结果。 运行Peak_detection_and_scoring_on_indep_bwFile.R脚本，利用Bioconductor NucleR包对不同MNase-seq数据进行峰值检测和评分，并计算其相对不对称性，用于评估HTa蛋白在不同基因组区域的结合差异。 依赖: MATLAB R2018a R Bioconductor NucleR包

1、生成不少于1000码元的随机二进制序列，并使用Huffman编码及解码技术处理；使用Matlab、C或其他编程语言计算信源的Huffman编码平均码长和编码效率； 2、选取一篇长篇自然科学文章（英文、不少于10页），以扩展的ASCII码初始化字典，即预设字典的0-255项为ASCII的全部8位字符。使用LZW算法进行文档压缩和解压缩。包含报告和源程序。

编码概述：编码将信息转换为计算机可处理的形式，使计算机和数字设备能够存储、处理和传输信息。从简单的文本到复杂的图像，编码对于数字世界至关重要。编码类型：- 字符编码：将字符转换为数字代码，例如 ASCII 和 Unicode。- 数据编码：将数据转换为二进制形式，例如二进制和十六进制。- 媒体编码：将音视频内容转换为数字格式，例如 MP3 和 JPEG。编码优势：- 便于计算机处理和存储。- 支持数据传输和通信。- 提高数据安全性。编码工具：多种软件和在线工具可用于编码，例如：- 编码器- 解码器- 字符集转换工具

你是否曾想过MathWorks总部的经纬度是多少？现在您可以在MATLAB中轻松找到任何地址的地理位置信息。这个函数利用雅虎地理编码API来查询地址字符串，无论是公司名称、城市、邮政编码，还是完整的街道地址。雅虎地图网络服务提供了详细的地理编码功能，具体信息可在此处查看：http://developer.yahoo.com/maps/rest/V1/geocode.html。请注意，您需要自己的AppID才能从雅虎获取数据，而不是使用示例AppID。

如果您使用我们的代码，请务必引用我们的论文《一种新的基于傅立叶功率谱的DNA序列聚类方法》！论文链接：http://dx.doi.org/10.1016/j.jtbi.2015.026