这个软件包是Phylip 3.6中dnapars.exe的修改版本,原先的版本使用菜单设置参数,我改为了命令行驱动的mbetoolbox_dnapars.exe,并为其构建了MATLAB接口。在MATLAB中,只需设置路径后,您可以轻松地运行mbetoolbox_dnapars。输入文件应为Phylip格式的对齐DNA序列,命名为“infile”。更多关于Phyip包的信息,请参考:http://evolution.genetics.washington.edu/phylip.html。
PHYLIP DNA简约算法GUIPHYLIP 3.6中DNA简约算法的图形用户界面
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代码使用方法:
运行LASSO_Input_file_generation.R脚本生成LASSO模型的输入文件。
使用MATLAB R2018a版本运行AH_LASSO_script.m脚本,输入步骤1生成的模型文件,得到LASSO模型系数。
运行LASSO_output_file_generation.R脚本,输入步骤2得到的模型系数以及计算得到的Kmers丰度,生成最终的预测结果。
运行Peak_detection_and_scoring_on_indep_bwFile.R脚本,利用Bioconductor NucleR包对不同MNase-seq数据进行峰值检测和评分,并计算其相对不对称性,用于评估HTa蛋白在不同基因组区域的结合差异。
依赖:
MATLAB R2018a
R
Bioconductor NucleR包
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