vi-HMM

我们的方法采用MATLAB编写，介绍了一种通过隐马尔可夫模型（HMM）识别SNP和Indel的新方法。该模型通过读取带有Phred + 33编码质量得分的SAM文件和参考基因组（FASTA文件）来确定每个位置最可能的突变状态。它生成TXT格式的状态信息报告变体，并提供了将TXT格式转换为变体调用文件（VCF）格式的代码。用户可以从解压缩包中获取并使用该程序。在MATLAB中，将当前工作目录更改为“ vi-HMM”文件夹，其中包含按组织存储的子文件夹和代码。要运行程序，请将“ vi-HMM”及其子目录添加到MATLAB路径中（使用命令>> addpath(genpath(pwd))）。分析所需的数据必须放置在名为“数据”的文件夹中，该程序提供了随附的示例数据（ref.fa，example.sam和truevar.txt），这些数据基于一个包含四个隐藏状态的HMM模型：“匹配”，“SNP”，“删除”和“插入”，具有过渡概率矩阵T和发射概率矩阵E。详细的数据模拟信息可供参考。

该资源提供已封装好的 LabVIEW VI，用于与 SQLite 数据库进行交互。可直接添加到用户库中，方便调用。

档提供了 VI1 模块的 Simulink 实现。该模块用于检测心电图信号中的 VI1 波段。

HMM是一种用于语音模型识别的先进算法，在数据挖掘和文本分类等机器学习领域具有重要应用。

本篇文章将详细阐述MATLAB中HMM工具包的各个函数的使用方法，并以投两个骰子为例进行解析。主要内容包括： 转移矩阵与混淆矩阵的生成，利用这两个矩阵生成随机的观察序列和隐藏序列。 维特比算法（Viterbi）的实现，通过该算法进行最优路径的计算。 通过训练来估计转移矩阵和混淆矩阵的函数运用。 在每个部分中，将提供具体的代码示例及详细注释，帮助大家深入理解HMM的应用。

在这个示例中，我们展示了如何使用Matlab编写和运行HMM模型的代码。示例数据文件包括1.dat和2.dat，这些文件包含了排放量和状态的数据。我们在train.m中提供了代码，用于加载和处理这些数据，并用最大似然估计初始化模型。通过调整初始状态分布，我们确保模型的准确性。此外，我们还展示了如何通过javac和java调用Matlab控制包matlabcontrol-4.1.0.jar来运行Hmm.java文件。

在LabVIEW编程环境中，SQL的使用常涉及数据库操作，如查询、添加、更新和删除数据。LabSQL中的四个特定Visual Interface（VI）程序对应四个关键功能模块。首先，ADO Recordset Create.vi用于创建ActiveX Data Objects的Recordset对象，执行数据库查询或操作数据。其次，ADO Recordset Addnew.vi用于插入新记录，通过AddNew方法添加新空白记录并设置字段值。再者，ADO Recordset Find.vi支持在Recordset中搜索特定条件的记录。最后，ADO Recordset Delete Record.vi用于删除选定记录，通过Delete方法永久移除不需要的数据。

隐马尔可夫模型（HMM）作为一种统计分析模型，诞生于20世纪70年代，并在80年代得到广泛传播和发展，成为信号处理的重要方向。目前，HMM已成功应用于语音识别、行为识别、文字识别以及故障诊断等多个领域。

该存储库包含一组Matlab代码，用于基于EM算法训练和测试多类隐马尔可夫模型分类器。这些代码已应用于情感动作识别和手势识别等连续观察领域。

在这个项目中，我们计划使用EM算法来训练针对孤立词数据的HMM模型，同时考虑Viterbi算法在测试阶段的应用。我们的实验结果显示，通过Matlab编程实现的性能与HTK相当。尽管尚未准备数据文件（.mfcc文件），但您可以根据自己的数据进行处理。如果需要，您可能需要修改“generate_trainingfile_list.m”和“generate_testingfile_list.m”中的代码以匹配数据文件的路径。请运行“EM_HMM_isolated_digit_main.m”来开始您的实验。如需更多信息，请在评论中留言。此外，您可以通过指定的链接免费获取数据文件：选择“隔离的TI数字培训文件”，采样频率为8 kHz，终结点为isolated_digits_ti_train_endpt.zip，或直接下载训练数据的.zip文件并解压缩到“wav/iso”目录下。