成肌细胞增殖

本代码库提供了用于分析成肌细胞增殖图像的MATLAB脚本，这些脚本用于研究长链非编码RNA SAM(lncRNA SAM) 通过稳定Sugt1和促进动粒组装来促进成肌细胞增殖。所有代码均在 MATLAB R2014b 中测试。 代码功能： Figure6C.m & Suppl_Figure_6C.m: 计算红色通道中非零像素的平均强度，并保存输出图像。 Figure6D_Suppl_Figure_5I.m: 计算细胞核内平均绿色通道强度（蓝色），并保存输出图像。 Quantify_Figure6E_6D.m: 量化每个过滤点中平均绿色通道强度，不生成输出图像。 Visualize_Figure6E_6D.m: 生成并保存最终输出图像。 ImageCount: 用于量化Dia肌肉中胶原蛋白1的交互式软件，以及Dia肌肉上Masson's Trichrome染色中胶原阳性区域的定量。 ImageCount主要功能: 彩色图像分割和量化。 注意: 以上代码文件对应论文中相应的图像结果。

TIMP-1过表达载体转染BEL-7402细胞，MTT和细胞生长曲线实验显示，TIMP-1能抑制BEL-7402细胞增殖。

Matlab代码不反应问题常见于复杂的细胞动力学仿真，尤其是在应用pCellDynasts方法解决鳞状上皮组织增殖细胞的动力学时。此方法揭开鳞状上皮组织中细胞增殖范式的计算方式，允许对增殖细胞类型、更新动态以及谱系命运的安排进行推断，确保组织的动态平衡。通过此方法，研究人员能够利用实验数据推断细胞命运，进一步优化组织模型的精确度。 主要功能模块 H2BGFP-ModalityTests: 该模块通过模态测试推断细胞增殖异质性，进行多模态统计分析，揭示分裂速率的同质性，进而推测增殖细胞的类型数量。 H2BGFP-tcc-In: 该模块用于推断和拟合实验数据，支持跨细胞层面的增殖模型仿真，并能有效展示不同细胞类型的动态行为。 详细上下文和原始出版物可以参考：Piedrafita G, Kostiou V, Wabik A, et al. (2020). A unified model of skin and esophageal epithelium maintenance. Nat Commun 11, 1429. 该工具有潜力扩展应用于其他组织中增殖细胞的层次结构和更新模式的研究。

此存储库包含用于Matlab的灰度处理和细胞跟踪的源代码。该程序支持荧光或暗场电影的处理，以及相衬电影的跟踪。兼容Matlab 2018a及更早版本，支持'.tif'堆栈和'.nd2'文件格式。还提供适用于Linux的版本。

此函数以16位TIFF堆栈形式接收图像，并通过解交错处理其三个通道。它对核标记和病原体通道进行阈值处理和分水岭分割，以识别细胞核和细菌。然后，该函数使用病原体质心创建目标区域（ROI），并通过子图像提取病原体周围的细胞内信号。

【细胞分割】基于分水岭算法的细胞分离计数matlab程序及GUI.zip

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用于重叠巨噬细胞分析的MATLAB软件包。

【细胞分裂】利用形态学算法开发的matlab源码，可用于红细胞计数，并提供了直观的GUI界面。

pbmc3k_filtered_gene_bc_matrices 数据是 Seurat 单细胞基础分析的基础数据集。