SPM

setSPMversion 是一个 MATLAB 工具，允许用户在不退出 MATLAB 或手动修改路径的情况下切换不同的 SPM 版本。

SpikeAnalyzer 是一个MATLAB工具，帮助检测fMRI时间序列中的非生理性峰值（异常值）。虽然它不能替代人工检查，但它能够帮助您挑选出可疑扫描，供进一步分析，如使用SPM工具中的spm_movie进行详细查看。 SpikeAnalyzer提供了两种检测方式： 通过对EPI系列总体活动的一阶导数进行阈值判断； 通过对运动速度进行阈值判断。 所有超过设定阈值的扫描将被标记为可疑扫描（即潜在的异常扫描）。在可视化图中，第一种方式检测到的峰值将以浅蓝色的垂直条形式显示，而第二种方式检测到的峰值则以浅红色标记。 您可以通过这些图形直观地看到峰值在全局活动中的“跳跃”，或者在一阶导数中以突然的变化出现。一阶导数方法尤为适用于定义阈值，因为除了某些轻微波动外，原始全局均值曲线即使在跳跃后通常也能接近零。这些“跳跃”现象可能是由扫描仪故障或对象移动造成的。 为了评估后者原因，SpikeAnalyzer结合对象运动参数来在定义的扫描窗口内预测全局均值（默认值）。

一组Matlab和SPM12脚本，用于优化fMRI数据集的图像和时间序列质量指标计算及可视化。受PCP-QAP和MRIQC启发，此工具为熟悉SPM12和Matlab的fMRI技术人员提供便捷的质量控制功能。尽管其相对性质取决于扫描仪位置、采集时间和数据格式，但可为研究人员提供关于潜在数据质量问题的有用见解。

检验污染模型MATLAB代码模型cdcat_spm（cdcatmr的神经影像管道）代码格式化，以便MATLAB脚本/函数在单个主题上运行。每个步骤按文件夹划分，Slurm脚本编译所需的函数，并提交并行作业数组以提高效率。一旦设置了SPM12和Atlas，您只需在Slurm文件中更改路径和ACCRE上的MATLAB版本（通过ACCRE终端上的ml检查）等信息即可，无需在MATLAB脚本中进行更改。所有Slurm脚本共享相同的sBatch指令，重要路径包括您的MATLAB/SPM12路径、cdcat_spm的克隆目录和Scratch数据目录（在ACCRE上为/scratch/polynlab/fmri/cdcatmr），确保代码知道数据的位置。管道概述截至03/10/20。

用卷积滤波器MATLAB代码积极倾听的演示代码，与SPM12版本7487兼容。这段代码源自惠康神经成像信任中心的本地SPM版本，目前正在审查中并尚未发布为公共版本。代码附带了有关主动听取的论文概述，并提供一个简单脚本以演示论文中的关键原理。结果取决于使用随机数种子生成的先验条件，这使得数字演示具有一定的随机性和独特性。总体而言，这些代码展示了对主动监听程序的参数变化具有鲁棒性的重要原理。