蓝藻基因

基因算法与函数优化

基因算法是模拟达尔文生物进化理论的计算模型，通过模拟自然进化过程来搜索最优解。它起始于一个代表问题解集的种群，每个个体都带有基因编码的特征。染色体作为主要的遗传载体，内部表现为某种基因组合，决定个体的外部表现特征，例如黑发。

算法与数据结构 2 2024-07-27

磷循环基因分析过滤代码

磷循环基因数据库 (PCyCDB) PCyCDB 数据库包含 138 个基因家族和 10 个代谢过程，并添加了同源基因以降低假阳性率。 通过识别已知的模拟基因数据集和模拟细菌群落，优化了序列相似性搜索工具（例如 BLAST、USEARCH、DIAMOND）生成的比对结果的过滤标准（即同一性、匹配长度），以获得最佳准确性和进一步降低假阳性。

数据挖掘 2 2024-05-12

生物信息学中基因表达与基因对分析的C++实现

生物信息学领域中，基因表达和基因对分析对于肿瘤研究至关重要。详述了如何利用C++编程语言进行基因对的两两配对，并计算在肿瘤和正常样本中出现反转配对的基因。我们讨论了C++在生物信息学中的应用、基因表达的原理以及基因对分析的具体方法。C++因其高效性和性能优势，在处理大规模基因数据时具有明显优势。基因表达和反转配对分析可以帮助识别出肿瘤相关的关键基因对，为后续的病理研究和药物靶点筛选提供重要线索。

数据挖掘 0 2024-09-14

clusterProfiler R包实现基因和基因簇功能分析与可视化

clusterProfiler 该软件包实现了分析和可视化基因组坐标（由支持），基因和基因簇的功能概况的方法。有关详细信息，请访问。 :writing_hand: 作者余光创（南方医科大学基础医学院）使用 clusterProfiler 时，请引用以下文章：于庚，王L，韩Y和何Q。 clusterProfiler：一个R包，用于比较基因簇之间的生物学主题。OMICS：综合生物学杂志*。 2012，16（5）：284-287。

统计分析 0 2024-11-06

SciDB 基因 + 现象数据分析范例

SciDB 笔记本展示使用 SciDB 处理基因型 + 表型数据集，包含简单的聚合和高级计算。该工作基于 SciDB 的横向扩展功能和复杂数学计算能力。

统计分析 5 2024-05-13

利用宏基因组数据组装某物种基因组一组装指南

详细介绍了利用宏基因组数据组装某物种基因组的整个流程，包括数据预处理、三种不同组装工具的应用（Minia、SPAdes和Megahit），以及组装结果的评估和比较。首先进行宏基因组数据的预处理，包括参考基因组的比对、reads的提取和过滤。随后使用Minia、SPAdes和Megahit进行基因组组装，分别介绍了它们的特点和适用情况。最后通过Quast评估组装结果，比较了三种工具的效果。为利用宏基因组数据进行某物种基因组组装提供了详细指南。

数据挖掘 2 2024-07-16

基因示意图-dbSNP数据库

基因示意图展示了基因的表达过程。dbSNP数据库是一个广泛使用的数据库，用于存储和管理单核苷酸多态性（SNP）数据，帮助研究人员理解基因变异对表达的影响。

SQLServer 1 2024-07-30

用Matlab开发高效基因序列搜索工具

Matlab开发的高效基因序列搜索工具。能够搜索特定序列，并准确记录具有偏移位置的相邻代码序列。

Matlab 0 2024-08-08

共现基因分析工具SimilaryViewer开源项目

SimilaryViewer是一款用于识别77种蓝藻生物子集中共同出现基因的工具。该软件提供MATLAB脚本及适用于Mac、Linux和Windows的独立应用程序。安装方法简单：下载相应zip文件，解压并按README文件操作。SimilaryViewer及其数据基于Apache许可版本2.0。科研使用请引用相关论文。图形导出功能依赖于Oliver Woodford和Yair Altman提供的“export_fig”工具箱版本1.99。

Matlab 0 2024-09-26

Vandesompele参考基因选择方法的Matlab实现

这个脚本实现了Jo Vandesompele等人在文章《通过几何平均多个内部对照基因对实时定量RT-PCR数据进行准确归一化》中提出的参考基因选择方法，用Matlab编写。

Matlab 0 2024-09-27