MATLAB SIR模型代码的pMCMC-SIR算法R版本实现

此存储库包含Matlab代码，用于描述无标度随机网络上的随机SIR动力学。该模型的详细描述可以在Matia Sensi合著的论文“网络属性和流行病参数如何影响无标度随机网络上的随机SIR动态”中找到。我们欢迎您提供反馈意见和建议。如果您发现错误或有任何问题，请通过以下邮箱联系我们：sara.sottile@unitn.it, ozan.kah@gmail.com, mattia.sensi@unitn.it。通过配置模型，您可以选择幂律分布的指数来生成无标度网络，并决定传播速度、感染节点的初始数量及其位置（如中心、平均程度、外围或随机）。运行程序的方法是键入：./configuration.py [FLAG] [P]。设置参数的方法是：N [节点数量] alpha [幂律指数] number_of_infected [起始时的感染数量] end_time [最大时间]

这个Matlab代码基于小世界网络实现，是经典的SIR传播模型。模型中，个体状态经历S（易感）、I（感染）、R（康复）三种阶段。康复者具有免疫力，不再感染。尽管代码实现基本功能，其简洁性有待提高，适合学习SIR传播模型的代码设计思路。

MATLAB Guide模块提供了一种动态仿真SIR模型的方法，用户可以通过调整各种参数来观察不同情况下的仿真结果，从而更清楚地理解和展示SIR模型的特性。

在本项目中，我们将对某市新型冠状病毒疫情进行分析，采用SIR模型对数据进行建模。数据时间范围为2020年6月至12月，代码和数据集已包含。该分析通过数学模型帮助理解疫情趋势，并为疫情防控提供参考。

这些R代码帮助用户理解贝叶斯非参数模型，特别是Dirichlet过程高斯混合模型（DPGMM）。它们是从Matlab代码转换而来，以便更好地在R环境中使用。

这是一个MATLAB实现的TVP-VAR模型代码，用户可以根据需要修改变量和数据，以便直接运行。

这是一个MATLAB时间序列代码的简介，介绍了如何使用Estimate_AR.m来估计AR（p）模型。AR（p）模型可以表示为$$ y_t = \mu + \phi_1 y_{t-1} + \phi_2 y_{t-2} + ... + \phi_p y_{t-p} + \epsilon_t $$ Estimate_AR.m 函数的输入包括：muexist（布尔值，TRUE表示y的期望不为零），p（AR模型的参数），以及按时间排序的数据列向量y。输出为参数估计 phihat 和误差方差估计 sigma2hat。该函数使用OLS方法进行参数估计。

在这个示例中，我们展示了如何使用Matlab编写和运行HMM模型的代码。示例数据文件包括1.dat和2.dat，这些文件包含了排放量和状态的数据。我们在train.m中提供了代码，用于加载和处理这些数据，并用最大似然估计初始化模型。通过调整初始状态分布，我们确保模型的准确性。此外，我们还展示了如何通过javac和java调用Matlab控制包matlabcontrol-4.1.0.jar来运行Hmm.java文件。

此MATLAB代码是A星算法的官方实现，代码结构清晰，适合学习。提供了标准的Astar算法实现。