MATLAB代码3DEM数据中带有髓轴突的随机沃克（RaW）分割修正

利用AxonSeg，可以在显微镜数据中精确分割出轴突和髓鞘，这一过程在Matlab平台上进行，适用于不需要额外处理工具箱的用户。

这是我作为计算机科学系学生早年在Matlab上完成的项目。这个脚本是为了第七学期的Image Analysis课程而创建的，自动处理灰度图像。项目包括实现色彩实验室空间中图像的表示，使用SLIC算法进行超像素图像分割，并提取SURF和Gabor特征。使用SVM分类器学习颜色预测模型，使用图像分割算法估算黑白像素的分布。该程序完全在Matlab IDE中编写。这个存储库展示了我作为学生在该领域的实践经验。

这个存储库包含用于3D单细胞分割和分析的Matlab代码，附有详细的步骤说明。分割分段器是一个用于Matlab的应用，通过阈值化细胞质标记物或膜标记物的分水岭转换，在3D空间中精确分割细胞。用户界面简单易用，允许调整参数以达到最佳分割效果。分析脚本可应用于图像文件夹，并将结果保存为Excel文件，包括通道的阈值识别点和区域的富集和部分重叠分析。

这段Matlab代码实现了基于随机游走的3D形状匹配算法。该算法通过模拟粒子在三维模型表面随机游走的过程，计算模型上每个点到其他点的距离或相似性，从而实现形状匹配。 代码功能： 加载三维模型数据 定义随机游走参数（例如，步长、游走次数） 执行随机游走模拟 计算模型上点之间的距离或相似性矩阵 可视化匹配结果 使用方法： 将三维模型数据文件（例如，.obj, .ply）放置在代码所在目录下。 修改代码中加载数据的路径和文件名。 设置随机游走参数。 运行代码。 注意： 代码需要安装Matlab环境才能运行。 可以根据需要修改代码，例如，使用不同的距离度量方法或可视化方式。

Stavros Tsogkas在巴黎CentraleSupelec开发了随机森林图像MATLAB代码，用于脑分割。该代码可用于训练和评估CNN，详细信息可在我们在ISBI 2016上发布的实验中找到。我们的代码根据MIT许可证发布。如果您发现我们的代码或CNN生成的概率图对您的研究有帮助，请引用：@inproceedings{shakeri2016subcortical, Author={Shakeri, Mahsa and Tsogkas, Stavros and Ferrante, Enzo and Lippe, Sarah and Kadoury, Samuel and Paragios, Nikos and Kokkinos, Iasonas}, Title={Sub-cortical Brain Structure Segmentation Using F-CNNs}, Booktitle={International Symposium on Biomedical}

该程序能够读取RAW格式的图像数据，用户只需输入文件名和图像尺寸即可快速获取所需图像。

这是我为计算物理课程开发的Matlab和Python代码，涵盖了中级模拟方法，包括确定性和随机方法。代码实现了众所周知的算法，如沉积、Ising模型、渗透、随机游走以及求解微分方程。

在这个实验中，您将使用提供在files_for_lab文件夹中的CSV文件。任务要求应用随机森林算法，但限制条件是必须使用SMOTE进行数据增强。请注意，由于SMOTE仅适用于数值数据，因此我们将首先对分类变量进行编码。

Matlab中的巴特沃斯滤波器函数可以有效地应用于信号处理和数据分析中，提供了一种有效滤波的工具。