使用Unix shell或其他脚本语言（如Perl或Python）编写的生物信息学工作流程和管道框架剧本可以被视为管道框架的基本形式。特别是，鲁棒性功能可能很脆弱，并且依赖于此管道上游和下游的依赖关系必须由作者手动解决。从框架的最后一个中断点恢复的可重入性也可能难以实施，例如，对于杂合/多态基因组组装管道的帮助。要运行此管道，您的操作系统需要满足先决条件，并且通过在终端中键入命令，管道将开始运行，直到它生成输出或被异常中断。随着Docker容器技术的普及，许多此类管道可以打包到镜像中，以避免额外的安装。Make实用程序已成功用于管理科学计算管道的通用文件转换，引入了基于文件后缀搜索文件和依赖项的“隐式通配符规则”的概念。但是，Make本身并没有为科学管道的定义提供足够的支持，例如缺乏对分布式计算的内置支持和强大的数据结构，也无法实现复杂的逻辑，这使得它在现代生物信息学中应用有限。