此脚本已免费上传到Matlab Central,作者未提供任何保证。脚本整合多次运行Mass Array Sequenom生成的基因分型信息。每次Sequenom运行均使用MASSARRAY TYPER 4.0.20软件处理。该软件支持生成xls格式报告。此脚本特别用于组合来自GenotypeArea.xls报告的数据。输入文件包括:samplefile.txt(包含样本、性别、年龄、pheno四列,必须有标题)和mapfile.txt(包含地图信息)。
使用Sequenom Mass Array生成的基因分型信息创建pedfile-Matlab开发
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马氏距离matlab原始代码引文GTASSIST:大规模SNP基因分型的基因标记选择的客观评估措施Kaminuma E,Masuya H,Miura I,Motegi H,Takahasi KR,Nakazawa M,Matsui M,Gondo Y,Noda T,Shiroishi T,Wakana S,Toyoda T J Bioinform Comput Biol。2008 6:905-17。执照瑞肯:保留所有权利。请检查。联系信息如果您对GTASSIST软件有任何疑问,请向国家遗传学研究所和RIKEN BRC咨询。GTASSIST指令&< GTAssist>> GTAssist是在SNP基因分型过程中协助标记选择和等位基因识别的工具。该程序支持TaqMan检测的二维荧光散射图的两种有用的评估方法[1],这是SNP基因分型中的一种流行技术。可以在后续的基因分型过程中使用这两种建议的措施。提出的第一个度量是标记排名度量(MRM),用于选择分布良好的SNP标记而不依赖于聚类结果。提议的第二项措施是个体基因型成员度量(IGMM),该度量利用
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