Gen3D是一款应用程序,专门用于确定基因组和染色体的三维结构模型。它利用染色体接触数据来构建精确的三维染色体模型,为研究提供了重要工具。该软件由美国密苏里大学计算机科学系的程健林教授领导的生物信息学、数据挖掘和机器学习实验室开发,并得到美国国家科学基金会的支持(授权号:DBI1149224)。如果您在研究中使用Gen3D,请引用相关文献:Nowotny等人的研究结果(BMC生物信息学16,第1期,2015年)。
Gen3D 用于构建3D基因组和染色体结构模型的工具 - 开源
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用户还可以自定义颜色级别,通过传入NUMBER_COLOR_LEVELS参数调整颜色的细分。例如:
X = linspace(-10, 32);
Y = linspace(0, 32);
Z = linspace(0, 32);
U = linspace(-1, -5, 32);
V = linspace(1, 5, 32);
W = linspace(0, 32);
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