细胞支架接触

这个存储库包含了用于从细胞和支架荧光z堆栈中检测细胞-支架接触的源代码。算法包括基于统计模型的细胞分割（Java 1.8）、基于平面几何模型的纺粘涂层和基于圆柱几何模型的纤维支架分割（Matlab 2015a）、以及骨骼和直径提取（C++）。这些算法支持生物学假设验证、成像描述和数据分析。

此程序汇集了不同颜色通道中细胞计数的结果，以便从Excel表格中快速计算细胞活力。该程序还评估了ImageJ可行性宏中收集的细胞活力数据，准确地量化了3D培养中细胞活力，通过cLSM显微镜扫描，将堆栈分为独立通道，并在每个图像中使用定制的ImageJ宏（Cellcounter3D）分析细胞活力。

此存储库包含用于Matlab的灰度处理和细胞跟踪的源代码。该程序支持荧光或暗场电影的处理，以及相衬电影的跟踪。兼容Matlab 2018a及更早版本，支持'.tif'堆栈和'.nd2'文件格式。还提供适用于Linux的版本。

针对口孜东矿121302工作面使用的四柱支撑掩护式液压支架适应性较差问题，详细统计分析了矿压和支架受力特点。基于平面杆系建立了支架的力学模型，推导出支架极限外载荷大小和分布区间的解析表达式。研究发现，支架外载荷需与顶梁和底座合力相匹配，否则支架将无法保持稳定状态。根据前后排立柱的工作阻力和拉力分布，划分了五个区域，并分析了工作阻力分配比例及摩擦因数对支架适应性的影响。研究结果显示，调整立柱工作阻力分配比例和优化中缸环形面积可以显著提高支架的适应性。

此函数以16位TIFF堆栈形式接收图像，并通过解交错处理其三个通道。它对核标记和病原体通道进行阈值处理和分水岭分割，以识别细胞核和细菌。然后，该函数使用病原体质心创建目标区域（ROI），并通过子图像提取病原体周围的细胞内信号。

【细胞分割】基于分水岭算法的细胞分离计数matlab程序及GUI.zip

这是在UNC-CH RAPID程序包中找到的三角形重叠代码的Matlab优化转换。原始代码未经过Matlab的深度优化。三角形的定义为t1 = [v1x, v1y, v1z; v2x, v2y, v2z; v3x, v3y, v3z]。以下是测试代码片段：%%测试三角形碰撞代码clf;坚持，稍等;设置（gcf，'渲染器'，'zbuffer'） t1 = [1,1,1; 1,2,1; 2,2,2]; 补丁( t1(:,1), t1(:,2), t1(:,3), [0.5,0.5]) t2 = [1.5,1.5; 1.2,3,-1; 0.5,2.4,1.0]; patch（t2（：，1），t2（：，2），t2（：，3），[0.75,0.5]） t3 = [2.5,3.5; 1.2,3,-1; 0.5,2.4,1.0]; 补丁( t3(:,1), t3(:,2)

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用于重叠巨噬细胞分析的MATLAB软件包。

这篇论文介绍了由Jin Wang、Marc F. Joanisse和James R. Booth撰写的《5至7岁儿童颞叶皮质支架纵向阅读增益的神经表征》的MATLAB代码。代码包括SPM12、ArtRepair和Marsbar工具箱，用于预处理、一级分析和提取beta。主要代码为main_phon.m，辅以fmri_preproc_generic_mni文件夹中的子函数进行重新对齐、分割、归一化和平滑处理。使用make_paramObject.m和makeroi.m函数制作单独的ROI。