本指南使用ASAP管道有效地预处理单分子（sm）或顺序（seq）FISH数据集，并进行基本的免疫荧光（IF）染色数据分析。请务必在进行任何分析之前阅读及其数学附录。
安装要求：本代码在MacOS High Sierra和Ubuntu 18.04上进行了测试，但未在Windows上进行。由于分析需强大计算能力和内存，建议使用专用工作站，而非个人笔记本电脑。ASAP可以在Nvidia GPU上执行某些图像处理步骤。对于Linux平台，需安装特定的GPU驱动程序。
软件和包安装：第一步是安装必要的软件和spatstat软件包，后者可直接获取。我们建议使用Matlab 2017或更高版本，以避免兼容性问题。此外，建议下载并使用优秀的工具对数据进行可视化和检查，然后再进行分析。