BASIN:R软件包通过Shiny提供了一个用户界面,用于对二维共焦显微镜图像进行统计分析。用户可以上传两个图像或一个图像文件夹,并在用户生成的csv文件帮助下编辑实验设计,生成分析结果的表格和图形,并生成全格式实验报告。BASIN概述和快速教程可通过ShinyApps获取,简化版本只需2张图像,工作流程与完整版本相似,适合入门。请注意,完整版需要用户下载csv文件并手动分配“控制”和“测试”生物条件以及实验编号,编号为正整数。安装及使用选项1:在本地计算机上安装Anaconda,详细设置请参考Miniconda安装页面。
BASINR软件包用于统计微镜图像分析
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LAND: 用于单分子定位显微镜数据分析的软件包
LAND 软件包对单分子定位显微镜 (SMLM) 数据进行定量分析,尤其适用于处理大样本量和高发射体密度的数据。
功能
2D 和 3D SMLM 数据分析算法:
基于密度的噪声应用空间聚类 (DBSCAN)
基于 Voronoi 的聚类分析
里普利函数
径向分布函数 (RDF)
最近邻分析 (NN)
距离分析
用于量化核纳米结构构象和纹理的算法 (SMLM-ConText)
数据可视化
具有批处理功能的用户界面
软件获取与安装
下载软件包并解压缩 LAND-master.zip 文件。
将生成的 LAND-master 目录复制到本地 MATLAB 工作目录中。
在 MATLAB 命令窗口中,导航到 LAND-master 目录并运行 LAND 启动软件。
文档和示例
有关如何使用该软件的详细说明(包括示例),请参阅软件包中的文档。
系统要求
MATLAB R2014b 或更新版本
统计和机器学习工具箱
图像处理工具箱(可选,但强烈建议用于更快的计算)
建议至少 8 GB RAM
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