此工作流程是为了解决构建和分析生化途径模型的挑战,结合现有工具和定制软件。我们采用了SBtab格式,这种易于阅读和扩展的文件格式,用于存储生化模型和相关数据,并开发了将其转换为MATLAB、NEURON、STEPS和COPASI可用格式的工具。我们还开发了用于MATLAB的参数估计、全局灵敏度分析和诊断工具的自定义脚本,以支持模型开发。演示模型包括Nair等人修改版的D1 MSN亚细胞级联模型。所有代码和模型文件分别整理在“MATLAB”、“NEURON”和“BioNetGen和STEPS文件夹”中。
定制软件支持下的生化途径模型构建与分析
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