保守值法MATLAB代码目录概述:此软件包含多个脚本,用于重现“识别HCV E2糖蛋白的免疫易受攻击区域并广泛中和针对它们的抗体”的论文中提出的结果。详细内容涵盖了HCV E2糖蛋白的免疫弱点区域识别及广泛中和抗体靶向,作者为Ahmed A. Quadeer, Raymond H. Y. Louie和Matthew R. McKay。要求使用MATLAB(推荐版本为2016b或更高版本),并配备生物信息学工具箱、通讯系统工具箱、统计与机器学习工具箱、曲线拟合工具箱、并行计算工具箱及MATLAB分布式计算服务器。
熵值法MATLAB代码-HCV-E2的免疫弱点区域识别及广泛中和抗体靶向软件
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作者:亚当·桑德勒 日期:1/28/21
主要步骤和文件说明:
配置适当的参数文件(/params/中的示例)。
使用参数文件作为输入,运行main.py。
/文件夹/params/包含以下内容:
asymmetric_valley.py:非对称谷优化器(经过修改)。
cifar100_data.py:CIFAR-100数据的加载器。
cifar10_data.py:CIFAR-10数据的加载器。
cmd.py:用于GPU跟踪(来自)。
cov_shift_acc_comp.R:比较精度斜率与协变量平移的L1-范数。
cov_shift_plots.R:生成精度与协变量平移的L1-范数的关系图。
cov_shift_test.py:协变量平移特征的测试模型。
dcnn.py:修改后的数据加载器和神经网络(NN),用于胸部X射线数据。
dnet.py:修改后的DenseNet实现。
densitynet.py:DenseNet的实现(来自)。
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