保守值法matlab代码InformMe.jl,一款用于分析DNA甲基化测序数据的信息理论工具,现已推出其Julia版本。文献资料建置状态notifyME软件包的julia端口。原始的notifyME使用MATLAB、bash、C++和R编写。通过将代码移植到Julia,我们希望简化软件,并消除用户需要MATLAB软件许可证的要求。
熵值法与InformMe.jlWGBS甲基化数据信息理论模型的Julia实现
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主要步骤和文件说明:
配置适当的参数文件(/params/中的示例)。
使用参数文件作为输入,运行main.py。
/文件夹/params/包含以下内容:
asymmetric_valley.py:非对称谷优化器(经过修改)。
cifar100_data.py:CIFAR-100数据的加载器。
cifar10_data.py:CIFAR-10数据的加载器。
cmd.py:用于GPU跟踪(来自)。
cov_shift_acc_comp.R:比较精度斜率与协变量平移的L1-范数。
cov_shift_plots.R:生成精度与协变量平移的L1-范数的关系图。
cov_shift_test.py:协变量平移特征的测试模型。
dcnn.py:修改后的数据加载器和神经网络(NN),用于胸部X射线数据。
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densitynet.py:DenseNet的实现(来自)。
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