这篇文章讨论了物种之间共表达网络的比较分析,使用了名为“compare_PCMs.m”的Matlab管道脚本。输入数据来自Excel中的标准化基因表达样本表,每个表代表单个物种的数据集。测试数据集“expression_per_species_test.xlsx”是原始数据的子集。输出结果“ggc_(今日日期).mat”包含多个结构化数据:成对相关矩阵(PCM)、每个数据集的表达相关性分析结果、比较监管相似性评分表等。
成对比较矩阵Matlab代码 - 比较性共表达分析
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主要功能:
1. DistMtrx = calculateModelVar_MPH(实现,TI,金字塔)
此功能用于计算二维二进制情况下实现之间以及实现与训练图像之间的距离矩阵。此功能使用MPH方法。
输入:
“实现”:所有需要的实现,例如101 50
“TI”:训练图像
“pyramid”:实现和训练图像的金字塔级别
输出:
“DistMtrx”:距离矩阵,例如10 51(10是金字塔的高度)
注意:有时可能会出现内存不足的情况,重新启动MATLAB可能会有所帮助。如果可能,在64位Windows中运行代码将解决此问题。
2. DistMtrx = Calculation3DMod
此功能的详细说明请参考代码中的注释。
使用代码:
将代码复制粘贴到计算机的特定目录中。
转到... ComparingGSAlgorithms文件夹,然后打开test.m文件。
取消注释并为每种情况运行代码。
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