神经节细胞

层次分析MATLAB代码e2198中追踪的神经节细胞连接组学分析。此存储库包含两个子模块，为后续分析提供必要的代码和数据下载指南。使用git命令'git submodule update --init'可下载所有相关数据和代码。特定子文件夹中的其他文档也可以作为README.md文件获得。EM数据、细胞重建/e2198_reconstruction子模块包含初始步骤和进阶工具，如创建初始cell_info结构的代码。最终单元格类型分配位于cell_info_typedef_gc.m文件中，由分层聚类产生。EM卷计算、钙成像数据及其分析均在分析/e2198_Ca_imaging子模块中进行。此存

程明明的matlab代码涉及基底神经节-皮质丘脑（BGCT）网络模型，该模型由Chen等人在2014年提出。

Matlab 代码： 交感神经节前神经元（Briantetal.2014）

神经元动力学建模之旅 这本教材专为高等本科生和研究生设计，引导他们进入数学和计算神经科学的迷人世界。无需高深的生物学背景，只需微积分和高中物理知识，你就能开启这段探索之旅。 旅程亮点: 单个神经元及其动力学模型: 深入理解神经元的内部工作机制，并学习如何用数学模型描述其行为。 神经元网络: 探索神经元之间通过突触和间隙连接的相互作用，以及由此产生的复杂网络动力学。 群体节律: 解开神经元群体中节律活动的起源和功能，揭示大脑协调运作的奥秘。 突触可塑性: 탐구突触连接强度如何随时间改变，以及这对学习和记忆的影响。 实用工具: 教材配套提供丰富的Matlab程序和Python代码，帮助你将理论

此存储库包含用于Matlab的灰度处理和细胞跟踪的源代码。该程序支持荧光或暗场电影的处理，以及相衬电影的跟踪。兼容Matlab 2018a及更早版本，支持'.tif'堆栈和'.nd2'文件格式。还提供适用于Linux的版本。

此函数以16位TIFF堆栈形式接收图像，并通过解交错处理其三个通道。它对核标记和病原体通道进行阈值处理和分水岭分割，以识别细胞核和细菌。然后，该函数使用病原体质心创建目标区域（ROI），并通过子图像提取病原体周围的细胞内信号。

【细胞分割】基于分水岭算法的细胞分离计数matlab程序及GUI.zip

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用于重叠巨噬细胞分析的MATLAB软件包。

【细胞分裂】利用形态学算法开发的matlab源码，可用于红细胞计数，并提供了直观的GUI界面。