在聚类分析中，常用的数据结构包括数据矩阵和差别矩阵。数据矩阵用于存储样本的特征信息，而差别矩阵则用来表示样本间的相似性或距离。这两种结构在聚类算法中起着关键作用，帮助实现有效的数据分组与分析。