dbSNP的数据以多种格式存储于ftp站点:ftp://ftp.ncbi.nih.gov/snp/。自版本125起,dbSNP采用了“中心和辐条”模型。主要表格包含在dbSNP_main表中,而具体生物体的数据则存储在各自的辐条数据库中。dbSNP使用标准的SQL DDL(Data Definition Language)来创建表格和索引的模式表和视图。详细的FTP数据库目录(ftp://ftp.ncbi.nih.gov/snp/database/)包括了模式、数据以及用于创建表格和索引的SQL语句。