索引是数据库查询效率的关键，类似于书籍的目录，能直接定位数据而无需全表扫描。事务是数据库操作的逻辑单元，具备ACID特性，保证操作的原子性、一致性、隔离性和持久性。InnoDB和MyISAM是MySQL中常见的存储引擎，前者支持事务和行级锁定，适合高并发应用，后者适用于读多写少场景。主键用于唯一标识每条记录，外键用于维护表间关系，确保数据完整性。连接操作能根据条件合并多表数据，MySQL中常见的有INNER JOIN和LEFT JOIN等。