聚类分析是将对象分配到不同的簇中,以使同一簇内的对象相似,不同簇间的对象则不相似。WEKA的“Explorer”界面提供了多种聚类分析工具,包括支持分类属性的K均值算法SimpleKMeans,分类属性的DBSCAN算法DBScan,基于混合模型的EM算法,K中心点算法FathestFirst,基于密度的OPTICS算法,概念聚类算法Cobweb,以及基于信息论的聚类算法sIB。另外,XMeans算法能够自动确定簇的个数,但不支持分类属性。