microbial是一个R软件包,用于分析和可视化16S rRNA数据,增强了R中微生物群落分析的功能。它利用dada2和phyloseq进行分析,简化了分析流程。

使用方法和数据要求

microbial支持两种数据输入方式:

  1. 原始fastq文件: 需同时提供样品信息。
  2. phyloseq对象: 包含分类群丰度信息、分类法分配、样品数据(环境变量、分类变量等)。系统发育树信息可选,但目前大多数功能不需要。

推荐使用phyloseq对象,因为它为分析和可视化提供了更多选项。 详细格式参考phyloseq对象文档。

示例数据

physeq数据包含每个样本中数百万个16S rRNA序列的多样性信息。