microbial是一个R软件包,用于分析和可视化16S rRNA数据,增强了R中微生物群落分析的功能。它利用dada2和phyloseq进行分析,简化了分析流程。
使用方法和数据要求
microbial支持两种数据输入方式:
- 原始fastq文件: 需同时提供样品信息。
- phyloseq对象: 包含分类群丰度信息、分类法分配、样品数据(环境变量、分类变量等)。系统发育树信息可选,但目前大多数功能不需要。
推荐使用phyloseq对象,因为它为分析和可视化提供了更多选项。 详细格式参考phyloseq对象文档。
示例数据
physeq数据包含每个样本中数百万个16S rRNA序列的多样性信息。